More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1956 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0249  alpha amylase catalytic region  52.5 
 
 		 656 aa  651    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.852341 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0585  alpha amylase domain-containing protein  54.77 
 
 		 655 aa  673    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4100  alpha amylase catalytic region  58.23 
 
 		 687 aa  757    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3583  alpha amylase catalytic region  55.4 
 
 		 684 aa  672    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2858  alpha amylase catalytic region  54.84 
 
 		 681 aa  661    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1052  alpha amylase catalytic region  55.84 
 
 		 672 aa  715    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3678  alpha amylase, catalytic region  56.17 
 
 		 672 aa  741    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.763851 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1297  alpha amylase catalytic region  51.21 
 
 		 667 aa  637    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.774826  normal  0.698008 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11359  glucanase glgE  64.78 
 
 		 701 aa  878    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.759121 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3860  alpha amylase, catalytic region  63.92 
 
 		 695 aa  902    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6072  alpha amylase catalytic region  64.89 
 
 		 659 aa  842    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1279  alpha amylase catalytic region  69.88 
 
 		 666 aa  959    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0559691  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0679  alpha amylase, catalytic region  54.05 
 
 		 653 aa  669    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.675202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1956  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 666 aa  1352    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0110526  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1809  alpha amylase, catalytic region  52.6 
 
 		 670 aa  655    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.341723  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3934  alpha amylase, catalytic region  63.92 
 
 		 695 aa  902    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.538651 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4301  alpha amylase, catalytic region  64.52 
 
 		 696 aa  892    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844806 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3846  alpha amylase, catalytic region  63.92 
 
 		 695 aa  902    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0237577 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2344  alpha amylase, catalytic region  64.96 
 
 		 696 aa  895    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.969175  normal  0.43625 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0737  alpha amylase, catalytic region  50.97 
 
 		 690 aa  630  1e-179  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.456985  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0861  alpha amylase catalytic region  51.27 
 
 		 680 aa  623  1e-177  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8140  alpha amylase catalytic region  50 
 
 		 728 aa  619  1e-176  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.509031 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10340  glycosidase  50.9 
 
 		 663 aa  612  9.999999999999999e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.252003  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1097  alpha amylase catalytic region  51.88 
 
 		 716 aa  608  1e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.992454  hitchhiker  0.0010737 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3176  alpha amylase catalytic region  48.73 
 
 		 682 aa  604  1.0000000000000001e-171  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000122162  hitchhiker  0.0000126185 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2417  alpha amylase catalytic region  49.12 
 
 		 816 aa  600  1e-170  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00733114  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1337  alpha amylase catalytic region  51.27 
 
 		 678 aa  596  1e-169  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.367678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03840  hypothetical protein  49.49 
 
 		 699 aa  580  1e-164  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19040  glycosidase  49.32 
 
 		 675 aa  570  1e-161  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.000683856  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1727  alpha amylase catalytic region  48.28 
 
 		 705 aa  569  1e-161  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0331  alpha amylase catalytic region  45.79 
 
 		 652 aa  570  1e-161  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0829  Alpha amylase, catalytic region  44.14 
 
 		 662 aa  520  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.673433  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09540  glycosidase  45.01 
 
 		 715 aa  521  1e-146  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0200177  normal  0.351025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1979  alpha amylase catalytic region  44.24 
 
 		 684 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379903  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0153  alpha amylase catalytic region  41.55 
 
 		 652 aa  511  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89451 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3071  alpha amylase catalytic region  46.33 
 
 		 674 aa  507  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224313  normal  0.685148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1884  alpha amylase, catalytic region  46.77 
 
 		 684 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2161  alpha amylase  44.55 
 
 		 680 aa  505  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3482  alpha amylase, catalytic region  46.81 
 
 		 651 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4163  alpha amylase catalytic region  44.87 
 
 		 651 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2023  alpha amylase, catalytic region  45.63 
 
 		 707 aa  503  1e-141  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685343 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1209  alpha amylase, catalytic region  45.63 
 
 		 657 aa  496  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1466  alpha amylase, catalytic region  45.17 
 
 		 657 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0034  alpha amylase catalytic region  44.99 
 
 		 663 aa  498  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1984  alpha amylase domain-containing protein  42.42 
 
 		 671 aa  494  9.999999999999999e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4097  alpha amylase catalytic sub domain protein  45.22 
 
 		 672 aa  492  9.999999999999999e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0571346  normal  0.0314797 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0210  alpha amylase catalytic region  42.97 
 
 		 676 aa  490  1e-137  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1105  alpha amylase catalytic region  42.54 
 
 		 705 aa  488  1e-136  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.340579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1190  trehalose-6-phosphate hydrolase  40.56 
 
 		 746 aa  484  1e-135  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0135  alpha amylase catalytic region  40.7 
 
 		 660 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0116  alpha amylase catalytic region  41.13 
 
 		 660 aa  479  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0759289 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3678  alpha amylase, catalytic region  45.74 
 
 		 659 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2783  alpha amylase catalytic region  40.76 
 
 		 670 aa  479  1e-134  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0314  alpha amylase, catalytic region  44.73 
 
 		 646 aa  480  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2089  alpha amylase catalytic region  41.58 
 
 		 679 aa  481  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0239  alpha amylase catalytic region  41.43 
 
 		 706 aa  480  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00519899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2295  alpha amylase, catalytic region  43.17 
 
 		 660 aa  478  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0369553  hitchhiker  0.000002386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1604  Alpha amylase, catalytic region  43.32 
 
 		 688 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0540  alpha amylase catalytic region  42.52 
 
 		 1037 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0480393 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4393  alpha amylase catalytic region  42.39 
 
 		 1144 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.573517  normal  0.10506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2760  alpha-amylase family protein  42.06 
 
 		 672 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2679  alpha amylase, catalytic region  42.13 
 
 		 671 aa  466  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2379  alpha amylase catalytic region  40.64 
 
 		 671 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3939  alpha amylase catalytic region  43.4 
 
 		 1196 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6821  alpha amylase catalytic region  43.42 
 
 		 1151 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.137668  normal  0.518409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1419  alpha amylase, catalytic region  41.37 
 
 		 708 aa  464  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.624823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2861  putative alpha-amylase-related protein  43.25 
 
 		 1146 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28010  family 13 glycosyl hydrolase  43.67 
 
 		 667 aa  465  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4658  alpha amylase catalytic region  41.12 
 
 		 681 aa  462  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2537  alpha amylase, catalytic region  41.88 
 
 		 692 aa  465  1e-129  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4052  alpha amylase catalytic region  43.4 
 
 		 1196 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4060  alpha-amylase family protein  43.17 
 
 		 661 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203382  normal  0.586391 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2489  Alpha amylase, catalytic region  41.21 
 
 		 672 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0230189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3659  alpha amylase catalytic region  42.48 
 
 		 672 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0914458  hitchhiker  0.00000417514 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2934  alpha amylase, catalytic region  42.33 
 
 		 1022 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.124614  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1783  alpha amylase, catalytic region  42.61 
 
 		 672 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00829372  normal  0.075062 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6499  alpha amylase, catalytic region  42.99 
 
 		 1130 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.145776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3155  hypothetical protein  42.15 
 
 		 664 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1341  alpha amylase family protein  42.48 
 
 		 1136 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0533  alpha amylase family protein  42.48 
 
 		 1115 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1545  alpha amylase family protein  42.48 
 
 		 1115 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1568  glycosy hydrolase family protein  42.48 
 
 		 1115 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0622  alpha amylase family protein  42.48 
 
 		 1115 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1738  alpha amylase domain-containing protein  42.48 
 
 		 1148 aa  452  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.257385  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1330  alpha amylase, catalytic region  42.84 
 
 		 1130 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.460745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36740  hypothetical protein  41.69 
 
 		 664 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.759208  normal  0.786637 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6088  alpha amylase catalytic region  42.53 
 
 		 1130 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2030  alpha amylase domain-containing protein  40.79 
 
 		 672 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.219861  normal  0.850819 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6320  alpha amylase catalytic region  42.81 
 
 		 1133 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.330794  normal  0.20234 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5590  alpha amylase, catalytic region  43.12 
 
 		 1136 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1109  alpha amylase, catalytic region  42.15 
 
 		 715 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2445  putative Alpha amylase  41.37 
 
 		 734 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2712  alpha amylase catalytic region  41.91 
 
 		 1124 aa  444  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576573  normal  0.0633095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2939  alpha amylase catalytic region  41.91 
 
 		 1124 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000998182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2834  alpha amylase catalytic region  41.81 
 
 		 1124 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1785  alpha amylase, catalytic region  41.52 
 
 		 724 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1815  alpha amylase catalytic region  42.66 
 
 		 672 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474679  normal  0.202822 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5097  alpha amylase catalytic region  41.64 
 
 		 1074 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.511822  normal  0.0191149 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7547  alpha amylase catalytic region  41.18 
 
 		 1122 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250555  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5565  alpha-amylase-related protein  41.48 
 
 		 1082 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>