80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0963 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0963  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  100 
 
 		 169 aa  348  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.347082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5189  type 4 fimbrial biogenesis protein FimT  39.72 
 
 		 169 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1621  type 4 pili biogenesis protein (prepilin-like protein)  28.68 
 
 		 186 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000506995  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1378  putative type IV pilus assembly protein FimT  34.82 
 
 		 171 aa  67  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0562  putative fimT protein  29.2 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000705405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2877  methylation  33.33 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169243  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  29.52 
 
 		 195 aa  60.8  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  29.52 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0007  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  29.79 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.24859  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  29.22 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  27.38 
 
 		 187 aa  57.8  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0669  hypothetical protein  30.15 
 
 		 192 aa  57.4  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3404  fimbrial biogenesis protein  27.07 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205912 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2880  prepilin-type cleavage/methylation-like protein  26.88 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3169  prepilin-type cleavage/methylation  23.78 
 
 		 190 aa  55.8  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  30.12 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0686  hypothetical protein  29.41 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  36.14 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1821  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  33.68 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.071899  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  33.75 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.99 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.99 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0019  pre-pilin like leader sequence  29.37 
 
 		 191 aa  53.9  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.808404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  27.27 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.1 
 
 		 170 aa  52.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2159  Tfp pilus assembly protein FimT  27.22 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0873  Tfp pilus assembly protein FimT  25.16 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2909  pilus assembly protein  26.16 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256003  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  29.8 
 
 		 168 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1384  fimbrial biogenesis protein  23.94 
 
 		 164 aa  52.4  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.168846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.99 
 
 		 170 aa  52.4  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  37.18 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0500  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.11 
 
 		 218 aa  51.6  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2965  Tfp pilus assembly protein FimT  30.43 
 
 		 181 aa  51.2  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.108298 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0023  pre-pilin like leader sequence  29.82 
 
 		 167 aa  50.8  0.000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0866  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  26.52 
 
 		 194 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197322  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  27.78 
 
 		 171 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0934  type IV pilus biogenesis protein, putative  27.43 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  24.14 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  31.25 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2876  methylation  25 
 
 		 200 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.71 
 
 		 214 aa  48.9  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2712  type IV pilus biogenesis protein, putative  27.33 
 
 		 170 aa  48.5  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000750453  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  27.42 
 
 		 172 aa  48.5  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01320  pre-pilin like leader sequence  30.56 
 
 		 157 aa  48.1  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.401301  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  31.65 
 
 		 214 aa  48.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0485  methylation  29.76 
 
 		 178 aa  48.1  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3919  putative type IV pilus biogenesis protein  26.04 
 
 		 208 aa  47  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159309  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2664  fimbrial biogenesis protein  29.49 
 
 		 178 aa  47.4  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.470161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0607  type IV pili biogenesis protein FimT, putative  26.32 
 
 		 160 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1769  fimbrial protein FimT  32.1 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1707  putative type IV pilus assembly protein FimT  32.1 
 
 		 170 aa  46.6  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0188  pilus assembly protein  30.49 
 
 		 222 aa  46.6  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.323266 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3040  general secretion pathway protein H  27.96 
 
 		 177 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504644  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  26.29 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0653  type IV pili biogenesis protein FimT  23.93 
 
 		 161 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.679722  normal  0.506575 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2522  methylation  40 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1108  methylation site containing protein  26.92 
 
 		 163 aa  45.1  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  28.74 
 
 		 157 aa  44.7  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0648  hypothetical protein  25.48 
 
 		 160 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.72 
 
 		 164 aa  44.3  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.07 
 
 		 164 aa  44.3  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08256  pili retraction protein PilT  32.2 
 
 		 192 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3225  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.72 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1064  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.72 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1131  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.72 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3520  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.46 
 
 		 170 aa  43.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  26.87 
 
 		 162 aa  42.4  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3829  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.67 
 
 		 222 aa  42.4  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.198337 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.57 
 
 		 194 aa  42  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.55 
 
 		 177 aa  41.6  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0811  pillin, putative  34.78 
 
 		 157 aa  42  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1383  hypothetical protein  25.38 
 
 		 160 aa  41.6  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.81 
 
 		 170 aa  41.6  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2834  protein involved in methylation  26.81 
 
 		 171 aa  41.2  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.307556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60280  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  39.22 
 
 		 162 aa  40.8  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000431898 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0985  hypothetical protein  26.51 
 
 		 189 aa  40.8  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.323968  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1037  hypothetical protein  26.51 
 
 		 189 aa  40.8  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2562  uridylate kinase  36.84 
 
 		 204 aa  40.8  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.378196 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  28.24 
 
 		 192 aa  40.8  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>