More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1669 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  100 
 
 		 261 aa  528  1e-149  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 245 aa  165  6.9999999999999995e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 260 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 279 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 260 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  37.92 
 
 		 265 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  155  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  155  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 311 aa  152  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  37.55 
 
 		 242 aa  151  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  38.94 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  36 
 
 		 241 aa  145  6e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 248 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.02 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 240 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  37.44 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 267 aa  126  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  43.3 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  40.21 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  46.43 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2289  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0296172  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 318 aa  75.5  0.0000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 279 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 291 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  40.96 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  38.94 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2636  signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 		 1051 aa  72.8  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 291 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  32.71 
 
 		 519 aa  71.6  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 327 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 291 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.82 
 
 		 772 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  32.77 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 151 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 283 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 291 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3711  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.483764  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  25.69 
 
 		 653 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6224  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 367 aa  69.3  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0782  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 430 aa  68.9  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 309 aa  68.9  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 295 aa  68.6  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 341 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 257 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 143 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 284 aa  68.6  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 152 aa  68.2  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 143 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  32.43 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  42.68 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 325 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 151 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>