More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3991 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3991  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 368 aa  704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630734  normal  0.39802 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 268 aa  70.1  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0188  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 298 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  29.44 
 
 		 263 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  36.29 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  29.56 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3601  response regulator receiver domain-containing protein  30.1 
 
 		 278 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0123865 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  25.77 
 
 		 537 aa  57  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  32.04 
 
 		 303 aa  56.2  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 287 aa  56.2  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 320 aa  55.8  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 292 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.64 
 
 		 293 aa  55.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 297 aa  54.3  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 310 aa  54.3  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 533 aa  54.7  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 298 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 305 aa  53.9  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 337 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 311 aa  54.3  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 338 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 314 aa  53.9  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2287  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000984991  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 303 aa  53.5  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 297 aa  53.5  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  30.77 
 
 		 299 aa  53.9  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 297 aa  53.5  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3204  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 317 aa  53.5  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  27.05 
 
 		 271 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 353 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  28.76 
 
 		 304 aa  53.1  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 508 aa  53.1  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.32 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 342 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 307 aa  52.8  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 322 aa  52.8  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  32.32 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  32.32 
 
 		 296 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  52.8  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 295 aa  52.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 297 aa  52.8  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  26.91 
 
 		 271 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  29.2 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  30 
 
 		 294 aa  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4855  putative transcriptional regulator  36.9 
 
 		 264 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 300 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  20.38 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 519 aa  51.6  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 		 278 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000110  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 285 aa  51.2  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.827796  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 279 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  33.7 
 
 		 307 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 548 aa  51.2  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25000  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  40 
 
 		 263 aa  51.2  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 317 aa  51.2  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 351 aa  50.8  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 256 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 278 aa  50.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 353 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 283 aa  50.8  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 277 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 284 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 277 aa  50.4  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 517 aa  50.8  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 337 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 300 aa  50.1  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 245 aa  50.4  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  50.4  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1294  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 252 aa  50.4  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0435473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 299 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 301 aa  50.4  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 279 aa  50.4  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 260 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 293 aa  50.4  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>