More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1168 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1168  periplasmic binding protein  100 
 
 		 353 aa  705    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.61734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5706  periplasmic binding protein  64.76 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1372  periplasmic binding protein  63.27 
 
 		 349 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  61.76 
 
 		 354 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  63.33 
 
 		 354 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1481  periplasmic binding protein  62.08 
 
 		 354 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3396  periplasmic binding protein  59.51 
 
 		 350 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3395  periplasmic binding protein  58.28 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.182926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3324  periplasmic binding protein  58.59 
 
 		 350 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3389  periplasmic binding protein  58.9 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3315  periplasmic binding protein  58.9 
 
 		 350 aa  401  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000205912  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  45.32 
 
 		 344 aa  327  2.0000000000000001e-88  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 334 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  30.98 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  28.23 
 
 		 370 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28.65 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  29.04 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1995  periplasmic binding protein  25.42 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.203895 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2225  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000231713  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1422  periplasmic binding protein  25.91 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  31.03 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.05 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24730  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.31 
 
 		 386 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  29.23 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  29.01 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0428  periplasmic binding protein  27.25 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2078  periplasmic binding protein  29.69 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  27.84 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  30.41 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47140  Periplasmic binding protein  28.77 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.910007  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.63 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  23.71 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0513  ABC transporter, solute-binding protein  24.32 
 
 		 365 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  25.15 
 
 		 375 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  27.57 
 
 		 345 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0377  periplasmic binding protein  29.54 
 
 		 682 aa  102  7e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.786135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0153  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.92 
 
 		 357 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.661173  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 369 aa  102  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  26.53 
 
 		 337 aa  102  9e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 370 aa  101  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0227  periplasmic binding protein  29.54 
 
 		 682 aa  100  3e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0299459  normal  0.536447 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1869  iron(III) dicitrate-binding protein  28.65 
 
 		 401 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.444655  normal  0.203849 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1091  hypothetical protein  26.75 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2147  periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 387 aa  100  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.985671  normal  0.111935 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0500  ABC Fe3+-siderophore transporter, substrate binding subunit  26.06 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  28.01 
 
 		 353 aa  100  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1044  hypothetical protein  26.73 
 
 		 397 aa  100  5e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1823  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 366 aa  99.8  6e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.717749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  26.91 
 
 		 354 aa  99.4  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  27.62 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  28.1 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0248  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0774691  normal  0.65467 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2328  periplasmic binding protein  30.03 
 
 		 384 aa  96.7  6e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.36 
 
 		 351 aa  96.7  6e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  25.15 
 
 		 483 aa  96.3  7e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  27.45 
 
 		 315 aa  96.3  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1204  periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.96916  hitchhiker  0.000051068 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  28.27 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1489  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  25.6 
 
 		 343 aa  95.5  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.236067  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  30.95 
 
 		 349 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.75 
 
 		 393 aa  93.6  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  26.72 
 
 		 345 aa  92.8  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  22.63 
 
 		 370 aa  92.8  9e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1868  iron(III) dicitrate-binding protein  27.91 
 
 		 401 aa  92  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.311818 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2260  hypothetical protein  26.75 
 
 		 378 aa  92.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.032453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 358 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  26.44 
 
 		 351 aa  91.3  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2329  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 384 aa  90.9  3e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1047  Fe3+-hydroxamate binding protein  25.86 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.271921  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  27.47 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 358 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  27.5 
 
 		 360 aa  90.1  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  30.86 
 
 		 349 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  26.2 
 
 		 346 aa  89.7  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  24.04 
 
 		 381 aa  89.4  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1212  periplasmic binding protein  27.64 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.109555  hitchhiker  0.0000000987512 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0327  hypothetical protein  27.81 
 
 		 381 aa  88.6  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  26.54 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1494  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.64 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0530  periplasmic binding protein  28.05 
 
 		 342 aa  87.4  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.519305  normal  0.848906 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.85 
 
 		 372 aa  87.4  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  27.63 
 
 		 348 aa  87  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1870  iron(III) dicitrate-binding protein  26.51 
 
 		 403 aa  86.3  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.874813  normal  0.198975 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  26.27 
 
 		 363 aa  85.9  9e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39880  periplasmic solute-binding component of iron(III) ABC transporter  29.11 
 
 		 357 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1687  periplasmic binding protein  25.07 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.372146  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1622  iron transport periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 370 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000308392  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  25.51 
 
 		 478 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1093  V-type ATPase, 116 kDa subunit  24.78 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  25.45 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  26.76 
 
 		 386 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  26.32 
 
 		 373 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  23.66 
 
 		 359 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0496  periplasmic binding protein  22.25 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.296202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>