More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4148 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4148  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1337  MarR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 158 aa  201  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01882  hypothetical protein  60.39 
 
 		 158 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1772  MarR family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 160 aa  194  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01812  transcriptional regulator, MarR family protein  61.69 
 
 		 158 aa  194  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000102979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1943  transcriptional regulator, MarR family protein  59.35 
 
 		 161 aa  194  7e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0012648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 157 aa  193  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2839  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1245  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 158 aa  192  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2761  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 165 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2937  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 165 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003137  transcriptional regulator MarR family  59.09 
 
 		 167 aa  191  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0057882  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1328  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 158 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3032  transcriptional regulator, MarR family  57.14 
 
 		 158 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1318  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 158 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1354  MarR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 158 aa  191  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1193  MarR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 157 aa  190  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0667234  hitchhiker  0.0000268164 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2736  MarR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 158 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000198775  hitchhiker  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0718  regulatory protein, MarR  57.14 
 
 		 160 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000013596  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2077  transcriptional regulator of MarR family protein  55.48 
 
 		 161 aa  178  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.323621  normal  0.679444 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3333  MarR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 174 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 159 aa  167  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1151  transcriptional regulator, TrmB  55.1 
 
 		 162 aa  158  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.119377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2651  MarR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 156 aa  157  7e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1027  MarR family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 173 aa  154  9e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1188  MarR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 167 aa  149  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0613  transcriptional regulator of MarR family protein  50.71 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.137964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  44.83 
 
 		 191 aa  144  9e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0611  transcriptional regulator of MarR family protein  48.51 
 
 		 135 aa  139  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0550  MarR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 167 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4007  MarR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 148 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.177253  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3007  MarR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 182 aa  124  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  36.55 
 
 		 187 aa  111  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2948  MarR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 159 aa  109  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  38.3 
 
 		 162 aa  104  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  34.53 
 
 		 177 aa  102  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  38.26 
 
 		 157 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  38.26 
 
 		 157 aa  94.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1076  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 168 aa  94.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.359856  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3272  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 154 aa  91.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1577  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 170 aa  90.1  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0137513 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 173 aa  87  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1648  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 177 aa  87  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.602614 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34950  MarR family regulatory protein  31.85 
 
 		 153 aa  81.6  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2954  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 171 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0252271 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  37.17 
 
 		 157 aa  74.7  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 150 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3762  MarR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.425599  hitchhiker  0.00135953 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4880  MarR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368926  hitchhiker  0.00140951 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3233  MarR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 150 aa  71.2  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.550723  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3133  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  43.96 
 
 		 150 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4499  MarR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 150 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.148368  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3865  MarR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 150 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3662  MarR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 150 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2231  MarR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106154  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3873  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  36.22 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0504878 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0325  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 150 aa  67  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1679  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1483  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.553037  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0304  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2559  transcriptional regulator  41.49 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.970675  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0862  MarR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.182256  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2422  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.934023  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0335  MarR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 158 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.663008  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0598  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 267 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0519  MarR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 150 aa  64.3  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00587381 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2196  MarR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 146 aa  64.3  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0050  transcriptional regulator, MarR family  37.23 
 
 		 164 aa  63.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479818 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  33.05 
 
 		 146 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3189  regulatory protein, MarR  42.17 
 
 		 144 aa  63.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 151 aa  64.3  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  33.05 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  33.05 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2738  transcriptional regulator, MarR family  40.62 
 
 		 156 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.708856 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2248  transcriptional regulator, TrmB  33.33 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1381  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1040  transcriptional regulator, MarR family  26.57 
 
 		 156 aa  62  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.343203  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  35.24 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  37.76 
 
 		 156 aa  62  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  35.4 
 
 		 161 aa  62  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1189  transcriptional regulator MarR family  40.79 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  34.13 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2735  transcriptional regulator, MarR family  27.14 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.312377  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  31.65 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  24.65 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  41.33 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0576  transcriptional regulator, TrmB  36.96 
 
 		 158 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0950259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0178  transcriptional regulator, MarR family  27.94 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2110  regulatory protein, MarR  27 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.450646  normal  0.261342 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3291  MarR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 152 aa  60.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.570613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  38 
 
 		 171 aa  60.8  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1251  MarR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.461848  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  33.01 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  33.01 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>