More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0845 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  473  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 239 aa  277  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  57.92 
 
 		 237 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  57.92 
 
 		 244 aa  269  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 237 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 237 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  58.11 
 
 		 237 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  57.01 
 
 		 236 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  57.21 
 
 		 237 aa  258  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  55.2 
 
 		 236 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 238 aa  205  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  46.01 
 
 		 246 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 240 aa  165  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 251 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  42.16 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 224 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 242 aa  151  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 233 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  40.39 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 256 aa  148  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  41.04 
 
 		 252 aa  142  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  38.89 
 
 		 250 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 247 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 242 aa  131  7.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 232 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 235 aa  99  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 		 226 aa  96.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 214 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 231 aa  94.7  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  40.29 
 
 		 228 aa  94.7  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 246 aa  93.6  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  34.15 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 223 aa  93.6  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 256 aa  92.8  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 256 aa  89  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.69 
 
 		 229 aa  88.2  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 274 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  26.69 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 228 aa  85.9  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 234 aa  85.5  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  30.09 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 220 aa  82.4  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 221 aa  82  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  33.95 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.09 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.97 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  29.3 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0485  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 248 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  29.28 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0341  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>