More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1587 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  78.03 
 
 		 440 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 		 453 aa  920    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  99.55 
 
 		 445 aa  899    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.89 
 
 		 453 aa  691    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  86.55 
 
 		 446 aa  782    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  78.22 
 
 		 453 aa  693    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.72 
 
 		 441 aa  634    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  75.57 
 
 		 439 aa  661    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  76.61 
 
 		 452 aa  685    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  70.89 
 
 		 446 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  70.56 
 
 		 441 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  46.92 
 
 		 436 aa  363  3e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.84 
 
 		 450 aa  318  1e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.78 
 
 		 430 aa  316  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  40.97 
 
 		 452 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.56 
 
 		 453 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.35 
 
 		 449 aa  307  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.35 
 
 		 449 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.73 
 
 		 454 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  40.33 
 
 		 449 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.73 
 
 		 468 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  43.28 
 
 		 472 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.77 
 
 		 453 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.01 
 
 		 449 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.88 
 
 		 449 aa  302  9e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.25 
 
 		 456 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.76 
 
 		 417 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  38.83 
 
 		 443 aa  300  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.44 
 
 		 451 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.44 
 
 		 451 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.67 
 
 		 449 aa  300  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.22 
 
 		 451 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.95 
 
 		 451 aa  300  5e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.04 
 
 		 403 aa  299  9e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000744604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.16 
 
 		 447 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.66 
 
 		 451 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.93 
 
 		 493 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.2 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.96 
 
 		 412 aa  295  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.24 
 
 		 441 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40 
 
 		 441 aa  294  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.88 
 
 		 447 aa  295  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.24 
 
 		 441 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  43.09 
 
 		 613 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.84 
 
 		 422 aa  293  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  40.21 
 
 		 510 aa  293  6e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  37.8 
 
 		 456 aa  293  6e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  41.52 
 
 		 632 aa  292  7e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2409  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.67 
 
 		 493 aa  292  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.92601 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.15 
 
 		 634 aa  292  8e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.9 
 
 		 560 aa  292  9e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  41.27 
 
 		 540 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.9 
 
 		 565 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1594  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.34 
 
 		 465 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.509668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.39 
 
 		 627 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.04 
 
 		 452 aa  291  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  43.2 
 
 		 411 aa  291  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  39.26 
 
 		 608 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2211  ATP-dependent RNA helicase protein  40.41 
 
 		 495 aa  290  3e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  41.16 
 
 		 420 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 		 448 aa  290  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  40.64 
 
 		 420 aa  290  3e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.39 
 
 		 627 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.66 
 
 		 436 aa  290  4e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  38.5 
 
 		 435 aa  290  4e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  41.24 
 
 		 446 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.61 
 
 		 460 aa  289  6e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000327397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.07 
 
 		 419 aa  289  7e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.33 
 
 		 423 aa  289  8e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.33 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.33 
 
 		 419 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.07 
 
 		 420 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.33 
 
 		 419 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.07 
 
 		 420 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.07 
 
 		 420 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.33 
 
 		 419 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.6 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  41.62 
 
 		 447 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.78 
 
 		 413 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  42.71 
 
 		 453 aa  286  5e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  39 
 
 		 418 aa  286  5.999999999999999e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.81 
 
 		 441 aa  286  7e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  39.66 
 
 		 447 aa  285  9e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.02 
 
 		 408 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.42 
 
 		 448 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.62 
 
 		 406 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.88 
 
 		 511 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.3 
 
 		 418 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.3 
 
 		 418 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  41.71 
 
 		 491 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  41.62 
 
 		 449 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.85 
 
 		 403 aa  283  4.0000000000000003e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0287382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.13 
 
 		 408 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.44 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  41.44 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  41.44 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  41.44 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  41.44 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  41.44 
 
 		 481 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1148  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.27 
 
 		 489 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>