More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0286 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0286  ABC transporter periplasmic binding protein  100 
 
 
344 aa  702    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  40.87 
 
 
350 aa  291  1e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04220  putative binding protein component of ABC transporter  42.39 
 
 
347 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  37.72 
 
 
342 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0853075  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3145  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 
350 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.47265  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0835  extracellular solute-binding protein  36.01 
 
 
341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.632681  normal  0.843315 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1060  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 
341 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0179336  normal  0.353735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2397  ABC putrescine transporter, periplasmic substrate-binding subunit  37.65 
 
 
339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.177339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0125  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  39.51 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.961154  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1378  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
339 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.303939  normal  0.180418 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  35.01 
 
 
343 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  34.72 
 
 
343 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  34.72 
 
 
452 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0129  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  36.39 
 
 
341 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413891  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  32.28 
 
 
346 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1584  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.81 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00366918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2583  extracellular solute-binding protein family 1  31.91 
 
 
349 aa  181  1e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000231381  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  32.62 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 
363 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  32.04 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
374 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2837  extracellular solute-binding protein  34.04 
 
 
396 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000153831  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
374 aa  176  6e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1645  extracellular solute-binding protein  33.92 
 
 
396 aa  174  9.999999999999999e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.222493  normal  0.608221 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  31.34 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  34.59 
 
 
341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  29.94 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0869  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein PotD  35.06 
 
 
350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  35.89 
 
 
342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 
354 aa  172  5.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  30.81 
 
 
369 aa  169  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  31.46 
 
 
342 aa  169  8e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003485  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  30.29 
 
 
345 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00749522  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2346  extracellular solute-binding protein family 1  31.43 
 
 
382 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00216942 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2984  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.746343 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02285  hypothetical protein  30 
 
 
345 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0392  polyamine transport protein  29.71 
 
 
365 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1819  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
359 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.523844  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03930  polyamine transport protein  29.34 
 
 
365 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.36 
 
 
363 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0892  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.388428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3929  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  31.25 
 
 
363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1226  extracellular solute-binding protein family 1  32.25 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000135939  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1341  extracellular solute-binding protein family 1  30.35 
 
 
369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  34.88 
 
 
343 aa  164  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  29.53 
 
 
345 aa  164  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0894  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  34.88 
 
 
343 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  30.79 
 
 
348 aa  162  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  29.85 
 
 
345 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6345  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.48 
 
 
372 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 
345 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1035  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.41 
 
 
345 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000879227  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6065  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
373 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1108  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  28.89 
 
 
357 aa  159  9e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4758  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.25 
 
 
370 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.263083  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 
348 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.33 
 
 
348 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.99 
 
 
347 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  34.39 
 
 
366 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.96 
 
 
348 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2195  periplasmic polyamine-binding protein, putative  32.34 
 
 
362 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.156454  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3928  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 
367 aa  156  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3015  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 
371 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.946307  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.41 
 
 
348 aa  156  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2302  extracellular solute-binding protein  30.57 
 
 
360 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1064  extracellular solute-binding protein  32.87 
 
 
373 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3542  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
359 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  31.31 
 
 
348 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.65 
 
 
347 aa  155  7e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1493  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  28.24 
 
 
355 aa  155  7e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0784207  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2082  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 
370 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472813  normal  0.985512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2337  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
368 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2990  extracellular solute-binding protein  30.59 
 
 
371 aa  155  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.840275  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1556  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.76 
 
 
367 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2406  extracellular solute-binding protein family 1  29.28 
 
 
342 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0132  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.99 
 
 
343 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5362  extracellular solute-binding protein family 1  31.75 
 
 
366 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.142467  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 
346 aa  155  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
336 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1108  extracellular solute-binding protein  29.12 
 
 
366 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000316767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0747  extracellular solute-binding protein  29.39 
 
 
354 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.389252  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1166  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 
366 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000290123  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  33.22 
 
 
358 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2382  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 
371 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.721841  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2996  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 
371 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.625226  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  32.33 
 
 
348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_004310  BR1612  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  29.46 
 
 
367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.875795  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  32.97 
 
 
357 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0163  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  32.62 
 
 
362 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  27.4 
 
 
371 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0345  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
364 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3360  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 
371 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.421619  normal  0.0114368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3192  extracellular solute-binding protein family 1  29.4 
 
 
366 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683038  hitchhiker  0.00622676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>