More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3196 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  100 
 
 		 312 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 302 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 299 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 303 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 308 aa  266  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 304 aa  257  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 333 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 311 aa  245  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.12 
 
 		 334 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 315 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 319 aa  228  7e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0846  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5035  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 310 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.776496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5026  transcriptional regulator, LysR family  39.62 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3148  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3057  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.061728 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2387  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  33.67 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3538  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.52 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.84 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  36.52 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  34.42 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.07 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 298 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 320 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.89 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 307 aa  145  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 394 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 312 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  29.57 
 
 		 317 aa  142  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00244  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>