More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2883 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  100 
 
 
172 aa  352  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  44.3 
 
 
171 aa  131  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  43.33 
 
 
151 aa  127  8.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  39.88 
 
 
214 aa  124  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  39.04 
 
 
170 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  37.8 
 
 
183 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.65 
 
 
180 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  38.65 
 
 
180 aa  99.4  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.73 
 
 
171 aa  95.5  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.01 
 
 
167 aa  89.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  36.67 
 
 
159 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.04 
 
 
169 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.66 
 
 
160 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.54 
 
 
234 aa  86.7  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.51 
 
 
176 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
165 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.74 
 
 
194 aa  86.3  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.2 
 
 
168 aa  84.3  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
173 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.41 
 
 
374 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  33.94 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  37.41 
 
 
374 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.22 
 
 
175 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.91 
 
 
170 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  34.42 
 
 
180 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  36.42 
 
 
159 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.62 
 
 
170 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
170 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.62 
 
 
170 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  37.41 
 
 
374 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.55 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  33.95 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.95 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  37.5 
 
 
194 aa  81.6  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  33.95 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  33.95 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.59 
 
 
175 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  33.95 
 
 
173 aa  81.6  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  36.2 
 
 
196 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.53 
 
 
186 aa  81.3  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
158 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17710  sigma factor, FecI family  38.18 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.463274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  39.86 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  33.54 
 
 
173 aa  80.9  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.13 
 
 
166 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  36.11 
 
 
236 aa  80.9  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.53 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.95 
 
 
168 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  35.85 
 
 
168 aa  80.1  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
170 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.89 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.39 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
158 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  35.06 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.18 
 
 
184 aa  79  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  30.25 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.76 
 
 
157 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.27 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.96 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02250  RNA polymerase sigma factor, FecI family  38.78 
 
 
167 aa  78.2  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.18 
 
 
222 aa  77.8  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
158 aa  77.8  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.77 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  33.95 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.48 
 
 
201 aa  77  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.04 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32 
 
 
169 aa  77.4  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  38.17 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  30.86 
 
 
180 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  39.1 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  31.79 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  31.08 
 
 
188 aa  74.7  0.0000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3577  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35.85 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  31.13 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.08 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  33.97 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3360  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.85 
 
 
170 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.86 
 
 
190 aa  73.2  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  30.26 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.67 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.29 
 
 
178 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.79 
 
 
165 aa  72  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.22 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.48 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.92 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.37 
 
 
158 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  35.9 
 
 
172 aa  72  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  33.09 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0757  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.05 
 
 
168 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.990255  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3503  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.707859  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  32.7 
 
 
172 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.88 
 
 
162 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  31.25 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>