More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4323 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 
327 aa  638    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  55.76 
 
 
332 aa  330  3e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  55.35 
 
 
318 aa  316  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4172  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.28 
 
 
317 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.917159  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  53.59 
 
 
360 aa  303  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.58 
 
 
316 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  54.49 
 
 
335 aa  291  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  51.24 
 
 
318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  49.04 
 
 
317 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.04 
 
 
317 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  48.73 
 
 
317 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.68 
 
 
318 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  49.37 
 
 
319 aa  259  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.1 
 
 
327 aa  258  7e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  48.74 
 
 
333 aa  255  7e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  47.3 
 
 
317 aa  251  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.161645 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.98 
 
 
324 aa  244  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  45.86 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
322 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.7 
 
 
324 aa  232  7.000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  46.82 
 
 
322 aa  232  8.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2906  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.63 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.754227  normal  0.106292 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  45.79 
 
 
322 aa  220  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  45.11 
 
 
319 aa  218  7.999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  42.3 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3135  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.43 
 
 
329 aa  217  2e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.95 
 
 
339 aa  216  5e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4377  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  46.71 
 
 
320 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000417511 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.85 
 
 
325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5212  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.04 
 
 
317 aa  214  1.9999999999999998e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000701081  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4549  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.72 
 
 
327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.06 
 
 
332 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1067  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  46.08 
 
 
320 aa  210  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0728  Helix-turn-helix type 11 domain protein  48.17 
 
 
320 aa  207  2e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0463  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.09 
 
 
334 aa  205  8e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.104964  normal  0.0170301 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  44.76 
 
 
332 aa  205  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  45.91 
 
 
337 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.288323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3486  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.91 
 
 
314 aa  203  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2064  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.71 
 
 
337 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.177932  normal  0.600491 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.3 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.94 
 
 
318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2690  Helix-turn-helix type 11 domain protein  47.04 
 
 
324 aa  197  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.113203 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.49 
 
 
334 aa  192  9e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4787  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.76 
 
 
336 aa  189  5e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.287509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.32 
 
 
322 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3293  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.6 
 
 
327 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0990426  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0153  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.9 
 
 
325 aa  187  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.1742  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8641  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.9 
 
 
320 aa  186  5e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.160159  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02350  predicted transcriptional regulator  43.62 
 
 
327 aa  179  7e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2888  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.71 
 
 
317 aa  172  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647609 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3338  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40 
 
 
320 aa  163  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1347  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.7 
 
 
339 aa  159  7e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.469049  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2870  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.02 
 
 
326 aa  158  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308782  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0327  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.69 
 
 
339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.06 
 
 
337 aa  145  8.000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  35.13 
 
 
318 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17920  predicted transcriptional regulator  40.54 
 
 
238 aa  135  7.000000000000001e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.384504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2627  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.42 
 
 
332 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00443  repressor  35.79 
 
 
322 aa  125  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0287725  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  33.65 
 
 
323 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 
319 aa  122  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.9 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  34.88 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  33.89 
 
 
323 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.8 
 
 
333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3412  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.33 
 
 
324 aa  110  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3679  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.17 
 
 
321 aa  108  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0370855  normal  0.293374 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.97 
 
 
317 aa  106  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.13 
 
 
228 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3440  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.29 
 
 
336 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000171457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  31.51 
 
 
333 aa  99.8  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2857  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.11 
 
 
326 aa  99  9e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.23 
 
 
316 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.46 
 
 
328 aa  98.2  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0369  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.18 
 
 
229 aa  97.4  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.189659 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.49 
 
 
242 aa  96.7  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.49 
 
 
242 aa  96.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.53 
 
 
228 aa  93.2  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2089  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  37.85 
 
 
237 aa  92.8  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.641654  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  32.56 
 
 
227 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.96 
 
 
336 aa  90.5  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.17 
 
 
237 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 
235 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
232 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
232 aa  87.4  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.6 
 
 
232 aa  87  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  31.63 
 
 
237 aa  87  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  31.13 
 
 
230 aa  86.7  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5701  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.03 
 
 
229 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.818045  normal  0.0721904 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  31.84 
 
 
231 aa  86.7  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  35.68 
 
 
252 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.48 
 
 
233 aa  86.7  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.03 
 
 
309 aa  86.3  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0831  transcriptional regulator-like  35.41 
 
 
244 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0455803 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.22 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  25.23 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3900  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.43 
 
 
230 aa  84.7  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.543885  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.47 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  32.06 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>