More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2271 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 318 aa  623  1e-177  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  51.46 
 
 		 337 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  46.06 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  45.21 
 
 		 344 aa  228  7e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  37.79 
 
 		 369 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  37.05 
 
 		 369 aa  156  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  36.56 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  36.06 
 
 		 354 aa  155  9e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 366 aa  152  7e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  35.98 
 
 		 360 aa  150  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  36.45 
 
 		 358 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 346 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  33.03 
 
 		 353 aa  142  9e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  33.03 
 
 		 353 aa  142  9e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  35.1 
 
 		 365 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 359 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  34.85 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  37.09 
 
 		 348 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 390 aa  140  3e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  34.55 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  36.5 
 
 		 352 aa  138  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  35.33 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  32.53 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  37.59 
 
 		 374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  34.04 
 
 		 363 aa  134  3e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 359 aa  133  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  33.63 
 
 		 351 aa  132  9e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  36.34 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 		 369 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  37.24 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  32.54 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  32.74 
 
 		 361 aa  122  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  35.42 
 
 		 353 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  31.22 
 
 		 408 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  32.2 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  33.53 
 
 		 339 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  34.45 
 
 		 341 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  34.98 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  32.92 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  30.85 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  32.24 
 
 		 366 aa  103  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 365 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 		 341 aa  99.4  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  33.64 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.88 
 
 		 495 aa  95.5  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.38 
 
 		 603 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.2 
 
 		 350 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  32.44 
 
 		 657 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  34.35 
 
 		 684 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.24 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  29.7 
 
 		 766 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  29.14 
 
 		 864 aa  84.7  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.24 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.14 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 551 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  38.5 
 
 		 542 aa  83.2  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  25 
 
 		 546 aa  83.2  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.12 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  35.15 
 
 		 534 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 532 aa  82.4  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  35.38 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.48 
 
 		 658 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31.03 
 
 		 759 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.7 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.74 
 
 		 522 aa  80.5  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  26.89 
 
 		 545 aa  80.1  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.29 
 
 		 509 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  36.04 
 
 		 831 aa  79.3  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  35.45 
 
 		 551 aa  79.3  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  36.49 
 
 		 520 aa  79.3  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  36.49 
 
 		 520 aa  79.3  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  36.49 
 
 		 520 aa  79.3  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  34.6 
 
 		 511 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  32.77 
 
 		 530 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  36.27 
 
 		 552 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.57 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.53 
 
 		 828 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  28.18 
 
 		 861 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  30.77 
 
 		 683 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.76 
 
 		 584 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  32.14 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  29.58 
 
 		 358 aa  77.4  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  35.38 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  35.94 
 
 		 522 aa  77.4  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.71 
 
 		 547 aa  77.4  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  30.58 
 
 		 608 aa  77.4  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.18 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.65 
 
 		 847 aa  77  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  22.26 
 
 		 562 aa  77  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  29.28 
 
 		 763 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  37.22 
 
 		 513 aa  76.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.84 
 
 		 548 aa  75.9  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>