More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5169 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 408 aa  813    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  57.04 
 
 		 354 aa  431  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  57.29 
 
 		 357 aa  424  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  55.16 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  55.67 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  55.67 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  55.67 
 
 		 353 aa  412  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  54.32 
 
 		 363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  55.75 
 
 		 360 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  55.33 
 
 		 366 aa  398  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  53.5 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  53.27 
 
 		 346 aa  364  1e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  54.85 
 
 		 348 aa  363  2e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  50.12 
 
 		 369 aa  354  2e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  50.49 
 
 		 366 aa  354  2e-96  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 369 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  54.31 
 
 		 358 aa  351  1e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  54.49 
 
 		 374 aa  351  1e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  51.51 
 
 		 352 aa  349  6e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  50.88 
 
 		 365 aa  348  7e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  50.73 
 
 		 390 aa  346  4e-94  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  49.51 
 
 		 371 aa  337  2.9999999999999997e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  50.38 
 
 		 369 aa  334  2e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  47.63 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  47.65 
 
 		 358 aa  322  9.999999999999999e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  47.41 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  46.25 
 
 		 361 aa  307  2.0000000000000002e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  43.41 
 
 		 353 aa  289  6e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  43.41 
 
 		 353 aa  289  6e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  43.46 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  40.83 
 
 		 351 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  40.78 
 
 		 359 aa  271  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  41.79 
 
 		 346 aa  266  4e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  46.21 
 
 		 350 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  41.51 
 
 		 311 aa  242  9e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  43.65 
 
 		 345 aa  241  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  38.36 
 
 		 374 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  38.56 
 
 		 355 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  40.93 
 
 		 366 aa  233  4.0000000000000004e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  38.6 
 
 		 365 aa  232  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 		 339 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  38.52 
 
 		 341 aa  216  8e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  39.53 
 
 		 314 aa  212  9e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  37.12 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  35.58 
 
 		 341 aa  195  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  38.22 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  38.32 
 
 		 341 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 		 341 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  29.66 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  29.75 
 
 		 337 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  32.14 
 
 		 337 aa  123  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.85 
 
 		 321 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  31.69 
 
 		 608 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.1 
 
 		 436 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  32.52 
 
 		 603 aa  103  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  32.04 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.31 
 
 		 495 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.96 
 
 		 877 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  28.82 
 
 		 285 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.88 
 
 		 582 aa  96.3  8e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  35.25 
 
 		 312 aa  96.3  8e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.14 
 
 		 825 aa  96.3  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  31.38 
 
 		 871 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.89 
 
 		 311 aa  95.1  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  27.82 
 
 		 896 aa  95.1  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  34.02 
 
 		 313 aa  95.1  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  33.47 
 
 		 311 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.91 
 
 		 847 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.63 
 
 		 902 aa  93.6  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  29.72 
 
 		 872 aa  92.4  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  34.35 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.04 
 
 		 797 aa  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  35.08 
 
 		 828 aa  90.1  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 534 aa  89.7  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  29.96 
 
 		 815 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.79 
 
 		 847 aa  88.6  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  27.31 
 
 		 813 aa  87.4  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  29.46 
 
 		 646 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  28.63 
 
 		 351 aa  86.7  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  28.57 
 
 		 861 aa  86.7  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 845 aa  86.3  8e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 763 aa  86.3  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31.19 
 
 		 759 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  26.42 
 
 		 324 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  29.02 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  25.61 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  28.02 
 
 		 568 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 831 aa  84.3  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.15 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  32.51 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.77 
 
 		 509 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.43 
 
 		 858 aa  81.6  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  26.75 
 
 		 327 aa  81.3  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.54 
 
 		 657 aa  80.9  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.5 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  27.21 
 
 		 644 aa  79.3  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 766 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  28.57 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>