More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3719 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 341 aa  687    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  64.44 
 
 		 355 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  63.16 
 
 		 339 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  63.35 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  57.78 
 
 		 345 aa  375  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  56.57 
 
 		 337 aa  352  7e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  51.55 
 
 		 374 aa  348  8e-95  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  51.38 
 
 		 341 aa  315  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  46.06 
 
 		 369 aa  276  5e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  45.8 
 
 		 365 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  49.69 
 
 		 341 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  50.15 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  46.36 
 
 		 369 aa  272  5.000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  49.85 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  45.56 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  44.14 
 
 		 360 aa  262  6e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  45.86 
 
 		 358 aa  258  9e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  44.74 
 
 		 361 aa  257  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  41.64 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  46.73 
 
 		 350 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  46.15 
 
 		 314 aa  251  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  44.28 
 
 		 353 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  44.28 
 
 		 353 aa  249  4e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  42.47 
 
 		 346 aa  249  5e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  42.43 
 
 		 360 aa  247  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  44.78 
 
 		 353 aa  246  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  42.56 
 
 		 366 aa  245  6.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 		 351 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  41.12 
 
 		 354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  43.47 
 
 		 357 aa  243  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  41.16 
 
 		 346 aa  242  6e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  41.25 
 
 		 358 aa  242  7.999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  41.12 
 
 		 348 aa  242  7.999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  41.67 
 
 		 353 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  41.67 
 
 		 353 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  41.67 
 
 		 353 aa  238  8e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  44.87 
 
 		 352 aa  236  3e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  41.24 
 
 		 363 aa  233  3e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  41.67 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  42.6 
 
 		 342 aa  228  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  39.65 
 
 		 390 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  43.38 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  42.34 
 
 		 366 aa  218  2e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  39.43 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  39.05 
 
 		 408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  37.96 
 
 		 371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  39.37 
 
 		 366 aa  209  4e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  39.94 
 
 		 374 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.53 
 
 		 495 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.62 
 
 		 436 aa  132  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  32.44 
 
 		 608 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 337 aa  122  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  35.2 
 
 		 337 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  34.45 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  32.75 
 
 		 477 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  34.77 
 
 		 828 aa  114  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.33 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  33.13 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.84 
 
 		 847 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.88 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  34.5 
 
 		 321 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.31 
 
 		 877 aa  109  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  30.96 
 
 		 813 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.22 
 
 		 797 aa  108  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 831 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  25.84 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  31.12 
 
 		 351 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  29.97 
 
 		 902 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  33.74 
 
 		 822 aa  102  7e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  31.33 
 
 		 816 aa  100  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  32.26 
 
 		 847 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  29.59 
 
 		 766 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  31.87 
 
 		 656 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.12 
 
 		 684 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.58 
 
 		 818 aa  97.8  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  29.57 
 
 		 845 aa  97.1  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  31.74 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  30.79 
 
 		 815 aa  97.1  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 845 aa  97.1  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  30.89 
 
 		 759 aa  96.3  7e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 513 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.44 
 
 		 658 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  34.29 
 
 		 513 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.84 
 
 		 858 aa  94.4  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  27.68 
 
 		 871 aa  94  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  28.91 
 
 		 603 aa  94  4e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  28.91 
 
 		 376 aa  93.2  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.17 
 
 		 864 aa  93.2  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.62 
 
 		 863 aa  93.2  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  28.34 
 
 		 896 aa  92.8  7e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.62 
 
 		 867 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  32.03 
 
 		 683 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  30.12 
 
 		 644 aa  92  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.9 
 
 		 896 aa  91.3  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  27.73 
 
 		 865 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.17 
 
 		 758 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  31.49 
 
 		 758 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  29.93 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>