More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3905 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 341 aa  701    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  69 
 
 		 337 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  61.68 
 
 		 345 aa  409  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  55.08 
 
 		 374 aa  348  1e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  53.21 
 
 		 365 aa  345  7e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  52.31 
 
 		 355 aa  330  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  51.23 
 
 		 339 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  51.38 
 
 		 341 aa  315  6e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  50.31 
 
 		 341 aa  282  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  50.31 
 
 		 341 aa  281  1e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 341 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  43.31 
 
 		 369 aa  251  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  43.35 
 
 		 369 aa  251  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  41.35 
 
 		 365 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  39.19 
 
 		 359 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  41.28 
 
 		 353 aa  243  5e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  43.66 
 
 		 350 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  42.15 
 
 		 346 aa  242  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  40.99 
 
 		 353 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  40.99 
 
 		 353 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  41.81 
 
 		 358 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  40.82 
 
 		 360 aa  236  4e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  42.06 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  42.04 
 
 		 346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  42.24 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  42.81 
 
 		 351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  40.11 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  41.52 
 
 		 360 aa  229  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  39.77 
 
 		 358 aa  228  9e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  41.81 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  41.49 
 
 		 353 aa  226  6e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  41.49 
 
 		 353 aa  226  6e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 358 aa  224  1e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  40.92 
 
 		 353 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 		 354 aa  222  6e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  41.8 
 
 		 359 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  43.07 
 
 		 352 aa  216  4e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  36.99 
 
 		 390 aa  212  9e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  38.06 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  40.18 
 
 		 361 aa  209  4e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  39 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  40.39 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  38.53 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  36.73 
 
 		 371 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 408 aa  193  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  37.75 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  37.46 
 
 		 374 aa  183  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  36.89 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  31.13 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.25 
 
 		 495 aa  117  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  29.69 
 
 		 608 aa  112  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.63 
 
 		 603 aa  109  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  30.03 
 
 		 656 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.46 
 
 		 436 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.93 
 
 		 828 aa  107  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.29 
 
 		 320 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 759 aa  105  9e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  28.57 
 
 		 684 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.31 
 
 		 354 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  28.08 
 
 		 865 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 658 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  29.06 
 
 		 847 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  30.5 
 
 		 313 aa  99  9e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 766 aa  99  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  30.22 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.41 
 
 		 863 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  28.28 
 
 		 350 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  28.79 
 
 		 939 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  29.11 
 
 		 758 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  28.52 
 
 		 329 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  28.52 
 
 		 329 aa  97.1  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  25.53 
 
 		 813 aa  96.7  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  28.42 
 
 		 351 aa  96.3  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  27.62 
 
 		 376 aa  95.1  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  29.63 
 
 		 867 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  30.89 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 		 864 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  29.63 
 
 		 853 aa  94  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  28.8 
 
 		 758 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  28.8 
 
 		 758 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  28.48 
 
 		 658 aa  94.4  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 		 816 aa  93.6  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.57 
 
 		 477 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 846 aa  92.4  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  28.57 
 
 		 683 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  28.92 
 
 		 940 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 343 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  28.83 
 
 		 868 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  28.22 
 
 		 868 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  29.05 
 
 		 882 aa  90.5  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.31 
 
 		 847 aa  90.5  4e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  28.35 
 
 		 1001 aa  89.7  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  29.91 
 
 		 358 aa  88.6  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  28.34 
 
 		 763 aa  89  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.86 
 
 		 901 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  30.6 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.15 
 
 		 582 aa  88.2  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>