More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0415 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 346 aa  702    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  61.32 
 
 		 353 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  61.32 
 
 		 353 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  60.62 
 
 		 359 aa  425  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  60.34 
 
 		 351 aa  422  1e-117  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  60.29 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  61.09 
 
 		 311 aa  378  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  55.36 
 
 		 353 aa  377  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  52.37 
 
 		 357 aa  350  3e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  52.65 
 
 		 354 aa  348  8e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  52.79 
 
 		 363 aa  343  2.9999999999999997e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  51.96 
 
 		 369 aa  340  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  51.94 
 
 		 360 aa  335  5e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  51.1 
 
 		 358 aa  335  7e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  50.82 
 
 		 369 aa  333  2e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  51.25 
 
 		 353 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  49.45 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  51.25 
 
 		 353 aa  333  2e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 353 aa  332  6e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  50.84 
 
 		 369 aa  330  2e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  52.29 
 
 		 346 aa  329  3e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  50.56 
 
 		 366 aa  327  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 348 aa  320  3e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  53.39 
 
 		 352 aa  318  9e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  48.08 
 
 		 366 aa  318  1e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  47.79 
 
 		 365 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  48.61 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  48.62 
 
 		 358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  46.72 
 
 		 360 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  46.56 
 
 		 390 aa  303  4.0000000000000003e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  50.14 
 
 		 366 aa  297  2e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  46.99 
 
 		 371 aa  284  2.0000000000000002e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  44.26 
 
 		 361 aa  270  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  49.84 
 
 		 374 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  41.44 
 
 		 408 aa  263  4e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  44.14 
 
 		 355 aa  262  6e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  45.67 
 
 		 345 aa  256  3e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  42.34 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  42.47 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  43.03 
 
 		 365 aa  249  6e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  42.47 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  43.75 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  42.04 
 
 		 341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  41.95 
 
 		 350 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  40.48 
 
 		 314 aa  229  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  42.68 
 
 		 341 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  43.59 
 
 		 341 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  42.95 
 
 		 341 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  36.2 
 
 		 337 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  34.51 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  31 
 
 		 344 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  29.38 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  32.2 
 
 		 318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  30.21 
 
 		 608 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.68 
 
 		 436 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  30.24 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.55 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.36 
 
 		 495 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.88 
 
 		 582 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.13 
 
 		 766 aa  102  7e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.75 
 
 		 877 aa  102  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  26.67 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  30.38 
 
 		 816 aa  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.56 
 
 		 847 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.21 
 
 		 902 aa  99.4  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 847 aa  98.6  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  27.68 
 
 		 758 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  30.79 
 
 		 896 aa  96.7  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.68 
 
 		 797 aa  96.3  7e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  27.36 
 
 		 871 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.18 
 
 		 477 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  28.74 
 
 		 882 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  30.5 
 
 		 832 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  31.05 
 
 		 358 aa  93.2  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  27.56 
 
 		 758 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  27.56 
 
 		 758 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  26.38 
 
 		 813 aa  92.8  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  28.52 
 
 		 658 aa  92.8  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  28.71 
 
 		 939 aa  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  28.18 
 
 		 815 aa  90.9  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.27 
 
 		 350 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 		 833 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  26.36 
 
 		 872 aa  90.1  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  29.46 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  27.19 
 
 		 759 aa  89.7  6e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  29.81 
 
 		 825 aa  89.7  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  28.62 
 
 		 763 aa  89.4  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  29.3 
 
 		 847 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  30.23 
 
 		 603 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  26.14 
 
 		 818 aa  88.6  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.77 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 828 aa  87.8  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.97 
 
 		 852 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.74 
 
 		 349 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  32.49 
 
 		 550 aa  86.3  7e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  32.73 
 
 		 845 aa  85.9  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 534 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  28.05 
 
 		 657 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  30.12 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  26.76 
 
 		 656 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>