More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1258 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1258  diguanylate cyclase  100 
 
 
248 aa  479  1e-134  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.693727  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3407  translation initiation factor IF-2  74.18 
 
 
248 aa  323  2e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60542  normal  0.126048 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 
531 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.46 
 
 
1294 aa  87  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.46 
 
 
1299 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.15 
 
 
896 aa  85.9  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004010  GGDEF domain protein  35.39 
 
 
667 aa  82.4  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.32 
 
 
708 aa  81.3  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.51 
 
 
355 aa  81.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.26 
 
 
883 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0567  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
280 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000656533  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  31.68 
 
 
296 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  31.68 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  34.59 
 
 
292 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  30.34 
 
 
417 aa  79  0.00000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 
668 aa  79  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 
668 aa  79  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
718 aa  78.6  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  36.31 
 
 
873 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.99 
 
 
1353 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
336 aa  77.8  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  30.93 
 
 
381 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  35.42 
 
 
688 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  31.19 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06931  hypothetical protein  36.05 
 
 
363 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  31.19 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  31.19 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
351 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  32.35 
 
 
296 aa  77  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0716  diguanylate cyclase  33.13 
 
 
619 aa  77  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
555 aa  77  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 
461 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  34.34 
 
 
1057 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  31.61 
 
 
426 aa  76.3  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
296 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.42 
 
 
781 aa  75.9  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
296 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01454  hypothetical protein  35.2 
 
 
665 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.58 
 
 
550 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1474  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.19 
 
 
465 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.214208 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 
575 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.76071  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  35.85 
 
 
753 aa  74.3  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0964  diguanylate cyclase  32.12 
 
 
778 aa  74.7  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  33.78 
 
 
499 aa  75.1  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
636 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.55 
 
 
437 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  36.9 
 
 
563 aa  73.9  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
295 aa  73.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0493  membrane associated GGDEF protein  32.26 
 
 
260 aa  74.3  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.61 
 
 
771 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.72 
 
 
686 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 
710 aa  73.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5012  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
493 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.67 
 
 
663 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.42 
 
 
557 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3562  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.12 
 
 
687 aa  74.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.6333  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  28.97 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0336  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
519 aa  73.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0386848  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  36.08 
 
 
662 aa  73.2  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.08 
 
 
515 aa  73.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3290  diguanylate cyclase  35.79 
 
 
473 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000228847  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.78 
 
 
867 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  33.68 
 
 
866 aa  73.6  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.33 
 
 
1040 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  36.2 
 
 
1477 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.97 
 
 
419 aa  73.2  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0967  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 
1004 aa  73.2  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  35.1 
 
 
557 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.53 
 
 
569 aa  73.2  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.33 
 
 
1036 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  35.1 
 
 
557 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 
728 aa  73.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  30.22 
 
 
494 aa  73.2  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  32.39 
 
 
471 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  38.75 
 
 
612 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
467 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 
468 aa  72.4  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  38.85 
 
 
732 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4670  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.6 
 
 
864 aa  72.4  0.000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.96 
 
 
699 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.33 
 
 
1036 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.26 
 
 
748 aa  72  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0952  GGDEF/EAL domain-containing protein  34.57 
 
 
821 aa  72  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.461336  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.65 
 
 
605 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00304196 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.06 
 
 
601 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.275422  normal  0.0228529 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  35.93 
 
 
446 aa  72  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.73 
 
 
825 aa  72  0.000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.74 
 
 
908 aa  72  0.000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  35.62 
 
 
252 aa  72  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
1264 aa  72  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  29.91 
 
 
494 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  37.36 
 
 
878 aa  71.2  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  32.79 
 
 
702 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  32.77 
 
 
371 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  31.94 
 
 
362 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  36.49 
 
 
589 aa  71.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>