101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_3718 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  100 
 
 
211 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  35.18 
 
 
206 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  34.05 
 
 
197 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1198  PAS fold-3 domain protein  33.89 
 
 
187 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.767323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  34.44 
 
 
155 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  31.82 
 
 
199 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  33.16 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  35.47 
 
 
202 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  33.52 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  32.35 
 
 
186 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
759 aa  59.3  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  33.6 
 
 
204 aa  57  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.64 
 
 
847 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3730  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
978 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.208606  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
686 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  34.02 
 
 
691 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  33.64 
 
 
827 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  31.96 
 
 
691 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6284  PAS domain-containing protein  27.32 
 
 
223 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  35.45 
 
 
582 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
793 aa  53.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3578  hypothetical protein  30.57 
 
 
188 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  31.82 
 
 
956 aa  52  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
938 aa  52.4  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
1532 aa  52  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
977 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  43.48 
 
 
1328 aa  51.2  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1628  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
1026 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677715  normal  0.19967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  31.13 
 
 
200 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 
689 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2999  hypothetical protein  30.56 
 
 
329 aa  49.3  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91602  decreased coverage  0.000583467 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
858 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 
1215 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  37.5 
 
 
1111 aa  49.3  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
767 aa  49.3  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
810 aa  48.9  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
789 aa  49.3  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2998  hypothetical protein  32.41 
 
 
326 aa  48.9  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00400405 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 
1942 aa  48.9  0.00006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2794  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
767 aa  48.5  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.470571 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3820  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
881 aa  48.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
513 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  26.5 
 
 
1303 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2666  putative sensor protein  35.34 
 
 
1129 aa  46.2  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
494 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  32.73 
 
 
1092 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
1103 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2150  signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 
945 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
601 aa  46.2  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0390  ligand-binding sensor domain-containing protein  27.84 
 
 
1275 aa  45.8  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0217  multi-sensor protein  37.68 
 
 
852 aa  45.8  0.0005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000331603  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1954  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 
795 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576685  normal  0.0880633 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 
883 aa  45.4  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  34.83 
 
 
783 aa  45.1  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
527 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
1224 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  32.58 
 
 
786 aa  45.1  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.19 
 
 
1251 aa  45.1  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 
569 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.176462  normal  0.11002 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2709  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 
812 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.601691  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 
845 aa  44.3  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1432 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3777  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 
1068 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0640729  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1045  hypothetical protein  34.78 
 
 
506 aa  43.5  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
1084 aa  43.5  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
674 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
384 aa  43.9  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.91 
 
 
845 aa  43.1  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  43.48 
 
 
1239 aa  43.1  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
1465 aa  43.1  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.72 
 
 
1047 aa  43.1  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  29.36 
 
 
1417 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
324 aa  43.1  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3341  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
795 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
830 aa  43.1  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4529  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
989 aa  43.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 
887 aa  43.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1282  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
548 aa  43.1  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.153514  normal  0.0403413 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.78 
 
 
1514 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2070  sensory transduction histidine kinase  39.39 
 
 
594 aa  42.7  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.965046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  29.36 
 
 
1626 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
922 aa  42.7  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.23 
 
 
860 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.43 
 
 
1514 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 
998 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
989 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
695 aa  42.4  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 
1977 aa  42.4  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
2693 aa  42.4  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  32.41 
 
 
1561 aa  42.4  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 
636 aa  42.4  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.19 
 
 
1225 aa  42  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.57 
 
 
1808 aa  42  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1694  PAS sensor protein  34.78 
 
 
431 aa  41.6  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000092635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5012  putative sensory transduction histidine kinase  30.58 
 
 
333 aa  41.6  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235153  normal  0.174809 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  31.19 
 
 
1225 aa  41.6  0.008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.52 
 
 
745 aa  41.6  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
846 aa  41.6  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118602  normal  0.0390699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2111  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
682 aa  41.6  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.17 
 
 
990 aa  41.6  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>