More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_1018 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1018  PAS domain-containing protein  100 
 
 
195 aa  385  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.011057  normal  0.147153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4253  PAS domain-containing protein  37.08 
 
 
202 aa  96.7  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.486718  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2325  PAS domain-containing protein  40.15 
 
 
204 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.347641  normal  0.764067 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5882  PAS domain-containing protein  33.68 
 
 
202 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.683919 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4390  PAS domain-containing protein  33.16 
 
 
200 aa  85.9  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.000850983  normal  0.838012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1761  PAS domain-containing protein  31.55 
 
 
199 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  35.83 
 
 
691 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  40.3 
 
 
582 aa  75.9  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
845 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
759 aa  75.9  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
943 aa  76.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
2693 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  34.17 
 
 
691 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  33.06 
 
 
827 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 
998 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
703 aa  72.4  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5027  hypothetical protein  28.9 
 
 
201 aa  72  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.565398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
1215 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  34.4 
 
 
956 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1432 aa  70.5  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  32.84 
 
 
1225 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
1714 aa  70.5  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
1225 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
977 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  31.06 
 
 
1092 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 
1103 aa  68.6  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
1532 aa  68.2  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
686 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 
1330 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  31.45 
 
 
847 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3718  PAS domain-containing protein  33.52 
 
 
211 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.243172 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 
830 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
1224 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
810 aa  65.5  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4878  PAS domain-containing protein  34.59 
 
 
155 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
858 aa  65.1  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4975  hypothetical protein  33.94 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.201692 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
922 aa  64.7  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4512  hypothetical protein  33.33 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.09 
 
 
1013 aa  64.3  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
689 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0132  PAS domain-containing protein  29.65 
 
 
206 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.272922 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 
547 aa  62.4  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
1808 aa  62  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
674 aa  62.4  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 
793 aa  62  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5109  PAS fold-3 domain protein  31.72 
 
 
197 aa  62  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.924849 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 
551 aa  61.6  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3467  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 
865 aa  61.2  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
3706 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.58 
 
 
721 aa  60.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.814379  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
1501 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
938 aa  60.5  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0404  hypothetical protein  30.33 
 
 
1182 aa  59.7  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.465468  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1370  signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
1560 aa  58.9  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.71177  normal  0.70667 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.45 
 
 
1009 aa  58.5  0.00000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
865 aa  58.5  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
519 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
883 aa  58.5  0.00000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
1344 aa  58.2  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
1124 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
767 aa  57.8  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.06 
 
 
990 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 
1125 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  32.54 
 
 
1125 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
1669 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 
1147 aa  57  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3393  putative PAS/PAC sensor protein  25.86 
 
 
545 aa  56.6  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 
1273 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
953 aa  56.2  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.3 
 
 
766 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 
823 aa  55.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
695 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 
745 aa  55.5  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1503  PAS domain-containing protein  33.62 
 
 
186 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.355958  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.14 
 
 
814 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1244  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
813 aa  55.5  0.0000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 
887 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
568 aa  55.1  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.75 
 
 
986 aa  54.7  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
512 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1120 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
812 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 
1654 aa  54.3  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.33 
 
 
1118 aa  53.9  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.43 
 
 
384 aa  53.9  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
789 aa  54.3  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.77 
 
 
1020 aa  53.5  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
1342 aa  53.9  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 
526 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2153  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.19 
 
 
645 aa  53.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  27.78 
 
 
450 aa  53.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  38.16 
 
 
932 aa  53.9  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
1418 aa  52.8  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  30.51 
 
 
930 aa  52.8  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.25 
 
 
1442 aa  52.8  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  28.03 
 
 
1202 aa  52.8  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3640  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 
1303 aa  52.4  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.581797 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.62 
 
 
1143 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.62 
 
 
1143 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>