288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_B0495 on replicon NC_008826
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 645 aa  1288    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  39.14 
 
 		 741 aa  364  3e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 659 aa  311  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  36.07 
 
 		 705 aa  288  2.9999999999999996e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  27.68 
 
 		 665 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  26 
 
 		 645 aa  101  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 563 aa  98.6  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  28.38 
 
 		 619 aa  96.7  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  23.98 
 
 		 739 aa  90.5  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 644 aa  88.2  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  26.59 
 
 		 627 aa  85.5  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.45 
 
 		 558 aa  84  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 305 aa  79.7  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  26.5 
 
 		 639 aa  79.7  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  23.72 
 
 		 602 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  21.82 
 
 		 597 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  27.63 
 
 		 637 aa  71.6  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  24.79 
 
 		 553 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 553 aa  70.5  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1597  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  24.61 
 
 		 981 aa  70.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000711164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  24.72 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 1527 aa  68.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 1527 aa  67.4  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.84 
 
 		 385 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.84 
 
 		 385 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.47 
 
 		 538 aa  66.6  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.84 
 
 		 385 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  21.54 
 
 		 740 aa  66.6  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.04 
 
 		 1785 aa  67  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 537 aa  65.9  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.62 
 
 		 385 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  21.53 
 
 		 600 aa  65.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.62 
 
 		 385 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  26.07 
 
 		 648 aa  65.1  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  26.95 
 
 		 371 aa  65.1  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 		 677 aa  65.1  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 2153 aa  64.7  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.78 
 
 		 1527 aa  64.7  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  25.93 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  25.42 
 
 		 614 aa  64.7  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  28.81 
 
 		 647 aa  64.3  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.42 
 
 		 848 aa  64.3  0.000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 548 aa  63.9  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  27.41 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2516  PTSINtr with GAF domain, PtsP  27.81 
 
 		 780 aa  63.9  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000436421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  26.64 
 
 		 410 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1703  PTSINtr with GAF domain, PtsP  27.81 
 
 		 780 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.57578e-17 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  24.27 
 
 		 554 aa  63.5  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  26.64 
 
 		 410 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  26.64 
 
 		 410 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  26.64 
 
 		 410 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  25.28 
 
 		 371 aa  63.2  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.01 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  27.01 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  27.01 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  26.64 
 
 		 410 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.01 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 2161 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  26.64 
 
 		 410 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  27.01 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.01 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.01 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  22.96 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  22.05 
 
 		 616 aa  61.6  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  31.21 
 
 		 562 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  26.72 
 
 		 425 aa  61.2  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.71 
 
 		 499 aa  61.2  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.03 
 
 		 486 aa  61.2  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  31.62 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.75 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3437  sensory box histidine kinase  28.34 
 
 		 533 aa  60.5  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.45 
 
 		 509 aa  60.5  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  26.94 
 
 		 415 aa  60.5  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  27.25 
 
 		 543 aa  60.1  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2694  putative PAS/PAC sensor protein  25.76 
 
 		 969 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0176534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2313  PTS system, enzyme I, transcriptional regulator PtsP  28.42 
 
 		 782 aa  59.7  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  27.5 
 
 		 784 aa  59.7  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  23.86 
 
 		 555 aa  59.3  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  23.88 
 
 		 371 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  23.7 
 
 		 371 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  29.68 
 
 		 719 aa  58.9  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.25 
 
 		 815 aa  58.9  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  29.89 
 
 		 518 aa  58.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 733 aa  58.5  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.6 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  28.25 
 
 		 323 aa  58.2  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  23.7 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  23.22 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.46 
 
 		 518 aa  57.8  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.91 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  25.73 
 
 		 782 aa  57  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 403 aa  57  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  37.5 
 
 		 402 aa  56.6  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2675  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 666 aa  57  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.518725  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.91 
 
 		 602 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.81 
 
 		 947 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 2783 aa  57  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2499  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.02 
 
 		 957 aa  57  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.628106  normal  0.769914 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3040  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.49 
 
 		 815 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>