More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8356 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 351 aa  719    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  66.45 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  66.45 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 302 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 311 aa  170  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  168  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  31.19 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  166  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 296 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 297 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  31.38 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  31.32 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 297 aa  150  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 295 aa  146  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  30.35 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 295 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.18 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 317 aa  129  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  33.1 
 
 		 296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 268 aa  125  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 302 aa  119  9e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.37 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 308 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.9 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.18 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 292 aa  103  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.22 
 
 		 315 aa  103  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  26.75 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  100  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 299 aa  99.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  25.17 
 
 		 294 aa  99.4  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.32 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.88 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.32 
 
 		 295 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.45 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.24 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.24 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3717  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 288 aa  96.7  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.168673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 295 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.6 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 326 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 313 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.1 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.79 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  27.72 
 
 		 345 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3185  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 295 aa  94.4  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.377934  normal  0.982451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>