More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0899 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0899  hypothetical protein  100 
 
 
250 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0971916  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0859  protein of unknown function DUF558  98.4 
 
 
250 aa  484  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.146486 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0826  protein of unknown function DUF558  94 
 
 
250 aa  463  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0503939  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5384  hypothetical protein  75.2 
 
 
250 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.28797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2244  hypothetical protein  69.88 
 
 
265 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00252887  normal  0.186395 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0365  protein of unknown function DUF558  71.15 
 
 
267 aa  324  7e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305196  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2249  hypothetical protein  58.7 
 
 
250 aa  279  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.368782  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2902  protein of unknown function DUF558  62.5 
 
 
253 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1342  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.51 
 
 
251 aa  265  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306242  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4716  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.84 
 
 
251 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.440412  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2564  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.18 
 
 
257 aa  256  2e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.355443  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4116  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  61.2 
 
 
251 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1847  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.15 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000659643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1682  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.38 
 
 
250 aa  249  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.94 
 
 
242 aa  248  9e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.07 
 
 
285 aa  234  9e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3186  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  57.54 
 
 
261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.261837  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2999  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.63 
 
 
248 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0762  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.25 
 
 
248 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.170277  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0388  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.69 
 
 
245 aa  229  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.522888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0442  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.21 
 
 
245 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0216  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.2 
 
 
257 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3079  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.17 
 
 
246 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.816692 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0486  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.33 
 
 
245 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286945  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2667  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.21 
 
 
257 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.209667  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1007  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.21 
 
 
257 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5780  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.44 
 
 
245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3099  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.96 
 
 
249 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377172  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0300  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.77 
 
 
247 aa  205  6e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.84 
 
 
254 aa  202  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.198651  normal  0.081106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0624  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.06 
 
 
239 aa  201  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.171124 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0372  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.44 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.431914  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0656  hypothetical protein  48.8 
 
 
264 aa  195  5.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.605183 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3912  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.13 
 
 
245 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.63 
 
 
249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.98 
 
 
238 aa  179  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2363  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.65 
 
 
210 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.257572  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0950  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.19 
 
 
249 aa  150  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.696782  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0540  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
241 aa  137  1e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00650711  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0571  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.86 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.266679  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.76 
 
 
239 aa  136  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1876  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.07 
 
 
238 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.115169  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1212  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.61 
 
 
228 aa  134  1.9999999999999998e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3113  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.43 
 
 
250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.41 
 
 
244 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
241 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.46 
 
 
239 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  32.54 
 
 
245 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0036  hypothetical protein  31.02 
 
 
227 aa  105  6e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  36.11 
 
 
242 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.26 
 
 
243 aa  105  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.13 
 
 
244 aa  105  9e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  34.25 
 
 
251 aa  104  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0238  hypothetical protein  34.75 
 
 
248 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
239 aa  102  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  32.93 
 
 
245 aa  102  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
244 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.54 
 
 
255 aa  101  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
243 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.6 
 
 
244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.56 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.14 
 
 
243 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.12 
 
 
243 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 
244 aa  99.4  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.63 
 
 
240 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.68 
 
 
243 aa  97.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.46 
 
 
251 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.41 
 
 
248 aa  96.7  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.63 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.52 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.27 
 
 
241 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
239 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 
244 aa  95.1  8e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.15 
 
 
240 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  33.86 
 
 
244 aa  95.1  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
246 aa  95.1  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
239 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.35 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.64 
 
 
245 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  28.23 
 
 
248 aa  94  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.35 
 
 
243 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
244 aa  92.8  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.88 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.38 
 
 
250 aa  93.2  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.95 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000117714  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.35 
 
 
243 aa  92.8  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000360607  hitchhiker  0.00000221121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
242 aa  92.4  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.29 
 
 
243 aa  92  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.39 
 
 
239 aa  92  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  32.13 
 
 
255 aa  91.7  9e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>