More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2483 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 248 aa  484  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  97.18 
 
 		 248 aa  448  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  92.74 
 
 		 246 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  82.63 
 
 		 248 aa  363  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  73.09 
 
 		 242 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  76.34 
 
 		 247 aa  350  1e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  62 
 
 		 254 aa  319  3e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  62.82 
 
 		 236 aa  317  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  64.29 
 
 		 242 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  61.73 
 
 		 278 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  65.11 
 
 		 238 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  62.6 
 
 		 250 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 239 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  61.6 
 
 		 241 aa  305  4.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  60.89 
 
 		 239 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  61.16 
 
 		 275 aa  298  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  65.16 
 
 		 275 aa  295  4e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  61.09 
 
 		 251 aa  294  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  62.05 
 
 		 260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  57.2 
 
 		 249 aa  285  7e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 249 aa  284  7e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  59.73 
 
 		 230 aa  284  9e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 246 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  55.51 
 
 		 254 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  58.05 
 
 		 263 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  58.65 
 
 		 261 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 254 aa  258  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  53.39 
 
 		 265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  65.59 
 
 		 209 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  56.42 
 
 		 226 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  56.5 
 
 		 258 aa  249  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  54.75 
 
 		 257 aa  245  6e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  56.88 
 
 		 223 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  55.41 
 
 		 243 aa  242  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  58.26 
 
 		 255 aa  242  5e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  61.75 
 
 		 203 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  53 
 
 		 273 aa  236  3e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  51.98 
 
 		 246 aa  225  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 		 272 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  51.38 
 
 		 230 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  45.87 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  58.62 
 
 		 196 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  50.22 
 
 		 253 aa  194  7e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  40.83 
 
 		 230 aa  189  5e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  41.74 
 
 		 230 aa  188  9e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  39.45 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  49.77 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  41.1 
 
 		 228 aa  178  7e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.67 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 225 aa  155  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 225 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 236 aa  150  3e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 272 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  35.24 
 
 		 275 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  52.38 
 
 		 138 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  35.37 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  42.78 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 232 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 241 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 227 aa  138  7e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.84 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 162 aa  129  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 		 232 aa  128  7.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.13 
 
 		 228 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  35.44 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  34.47 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 236 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  34.19 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  32.54 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  32.29 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  34.95 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 225 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  33.5 
 
 		 221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  33.98 
 
 		 221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  31.9 
 
 		 228 aa  115  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  33.01 
 
 		 222 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  32.08 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  33.81 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  37.07 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  33.01 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  34.8 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>