More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0111 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  59.18 
 
 		 678 aa  730    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0111  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 690 aa  1367    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00506838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0652  lytic transglycosylase, catalytic  49.34 
 
 		 707 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  48.77 
 
 		 660 aa  559  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  48.84 
 
 		 657 aa  559  1e-158  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0992  Lytic transglycosylase catalytic  49.54 
 
 		 676 aa  547  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  46.86 
 
 		 693 aa  545  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  48.47 
 
 		 663 aa  543  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  48.38 
 
 		 657 aa  543  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  47.16 
 
 		 659 aa  535  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  44.93 
 
 		 653 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  39.94 
 
 		 642 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0088  soluble lytic murein transglycosylase precursor transmembrane protein  39.94 
 
 		 650 aa  410  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0176  lytic transglycosylase, catalytic  38.13 
 
 		 655 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.364255 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3662  Lytic transglycosylase catalytic  39.12 
 
 		 650 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.874549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0219  lytic transglycosylase, catalytic  39.27 
 
 		 653 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3339  Lytic transglycosylase catalytic  38.97 
 
 		 650 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3738  Lytic transglycosylase catalytic  37.6 
 
 		 655 aa  385  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0927783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0198  transglycosylase  37.6 
 
 		 655 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2945  lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 650 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.78067  normal  0.502179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3079  lytic transglycosylase, catalytic  39.34 
 
 		 650 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3053  lytic transglycosylase catalytic  38.87 
 
 		 650 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0364649 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6381  lytic transglycosylase, catalytic  39.12 
 
 		 607 aa  376  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0233  lytic murein transglycosylase, putative  38.84 
 
 		 651 aa  375  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3029  lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 650 aa  373  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710191  normal  0.361985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2420  lytic transglycosylase, catalytic  38.87 
 
 		 650 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3034  lytic transglycosylase, catalytic  38.87 
 
 		 650 aa  375  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2900  lytic transglycosylase catalytic  37.77 
 
 		 657 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2108  putative lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3314  lytic murein transglycosylase, putative  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0453  soluble lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0257  Slt family transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2984  putative lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.270933  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3364  putative lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0269  Slt family transglycosylase  38.21 
 
 		 651 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1999  lytic transglycosylase, catalytic  36.87 
 
 		 628 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1715  Lytic transglycosylase catalytic  36.27 
 
 		 652 aa  361  2e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.728382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  39.02 
 
 		 654 aa  350  6e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2449  lytic transglycosylase, catalytic  37.62 
 
 		 644 aa  342  2e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2261  lytic transglycosylase, catalytic  35.77 
 
 		 671 aa  335  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0514362  hitchhiker  0.000191645 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  38.05 
 
 		 647 aa  296  8e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  28.22 
 
 		 663 aa  223  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  31 
 
 		 660 aa  213  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1648  lytic transglycosylase catalytic  31.07 
 
 		 642 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  29.52 
 
 		 735 aa  210  7e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2373  Lytic transglycosylase catalytic  33.33 
 
 		 686 aa  210  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  29.05 
 
 		 739 aa  207  6e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3883  lytic transglycosylase, catalytic  30.1 
 
 		 650 aa  206  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.320153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1672  lytic transglycosylase catalytic  30.18 
 
 		 641 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.08863  normal  0.827941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3610  lytic transglycosylase, catalytic  30.18 
 
 		 649 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2130  soluble lytic transglycosylase, putative  29.84 
 
 		 657 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.224048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3522  soluble lytic murein transglycosylase, putative  30.68 
 
 		 642 aa  197  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3295  SLT  30.51 
 
 		 642 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.505379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  26.92 
 
 		 706 aa  196  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  29.81 
 
 		 642 aa  193  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1070  Lytic transglycosylase catalytic  35.12 
 
 		 716 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  30.25 
 
 		 642 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1892  Lytic transglycosylase catalytic  30.76 
 
 		 643 aa  188  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  30.47 
 
 		 643 aa  187  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1778  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.81 
 
 		 669 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000296468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1378  lytic transglycosylase, catalytic  32.74 
 
 		 661 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.842597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  28.62 
 
 		 643 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2125  lytic transglycosylase, catalytic  30 
 
 		 645 aa  182  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  29.26 
 
 		 641 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2415  lytic transglycosylase catalytic  27.54 
 
 		 643 aa  171  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.853717  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03735  putative soluble lytic murein transglycosylase  27.41 
 
 		 576 aa  171  4e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0941  murein transglycosylase, putative  30.32 
 
 		 639 aa  171  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1059  Lytic transglycosylase catalytic  30.32 
 
 		 658 aa  171  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.210137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1863  lytic transglycosylase, catalytic  28.93 
 
 		 641 aa  170  9e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.646597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  26.77 
 
 		 649 aa  169  2e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2111  lytic transglycosylase, catalytic  28.77 
 
 		 641 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.396511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  26.77 
 
 		 649 aa  166  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  27.9 
 
 		 641 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  25.04 
 
 		 644 aa  164  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0200  lytic transglycosylase, catalytic  27.24 
 
 		 637 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2100  lytic transglycosylase catalytic  27.62 
 
 		 641 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.254828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2285  Lytic transglycosylase catalytic  27.62 
 
 		 641 aa  161  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2105  lytic transglycosylase, catalytic  27.79 
 
 		 641 aa  160  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.828929  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2053  lytic transglycosylase catalytic  27.62 
 
 		 641 aa  160  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00204351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  26.8 
 
 		 642 aa  160  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  28.27 
 
 		 649 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.99613 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4559  hypothetical protein  27.3 
 
 		 641 aa  158  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2273  lytic transglycosylase catalytic  27.3 
 
 		 641 aa  158  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02649  soluble lytic murein transglycosylase  27.3 
 
 		 647 aa  158  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.787033  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0293  lytic transglycosylase, catalytic  24.88 
 
 		 637 aa  157  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.598213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3413  Lytic transglycosylase catalytic  26.71 
 
 		 661 aa  155  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439727  normal  0.575026 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004401  soluble lytic murein transglycosylase precursor  26.9 
 
 		 645 aa  152  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2347  lytic transglycosylase, catalytic  25.86 
 
 		 640 aa  151  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0720  hypothetical protein  25.35 
 
 		 593 aa  151  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0700  hypothetical protein  25.31 
 
 		 593 aa  150  6e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2621  lytic transglycosylase catalytic  26.81 
 
 		 650 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.327163  normal  0.230885 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  28.57 
 
 		 638 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1597  soluble lytic murein transglycosylase precursor  25.7 
 
 		 651 aa  143  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.116163  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1135  lytic transglycosylase, catalytic  29.28 
 
 		 677 aa  139  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.643084  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2499  lytic transglycosylase  27.65 
 
 		 661 aa  138  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1377  lytic transglycosylase, catalytic  35.41 
 
 		 719 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.010256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0564  lytic murein transglycosylase  27.56 
 
 		 643 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0525  lytic murein transglycosylase  26.79 
 
 		 643 aa  134  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0230  soluble lytic murein transglycosylase  26.43 
 
 		 648 aa  132  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00998  soluble lytic murein transglycosylase  26.09 
 
 		 648 aa  132  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>