More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0304 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0304  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 210 aa  414  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3775  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04039  hypothetical protein  25.85 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000282396  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4773  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164473  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3801  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000675626  normal  0.64863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4455  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.10893e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4747  transcriptional regulator, TetR family  25.85 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000342659  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5646  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 194 aa  61.2  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4682  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000014918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  37.04 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 231 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13590  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.332381  normal  0.0844747 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  33.09 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1007  transcription regulator protein  30.67 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.605979  normal  0.178446 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0938  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0638862 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1034  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2436  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 243 aa  56.6  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.747053 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3161  TetR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000174477  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0873  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.326269 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3117  TetR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0507  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.982351 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3736  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.042499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3724  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.29601  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3797  TetR family transcriptional regulator  44 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388195  normal  0.0386626 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  40.24 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  46.38 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 210 aa  54.3  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1483  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0413  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5076  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 215 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175697 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2816  hypothetical protein  26.47 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0366008  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2636  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4517  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000667757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1016  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00988275  normal  0.688061 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4691  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.771858  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4777  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.681727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4301  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2438  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 227 aa  53.1  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0754  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 273 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 202 aa  52.8  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3923  TetR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1048  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  52.4  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 220 aa  52.4  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 234 aa  52  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 232 aa  51.6  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  49.02 
 
 		 216 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2708  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 266 aa  51.6  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4046  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0577421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2392  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 198 aa  51.6  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0101662  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3793  regulatory protein TetR  29.9 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4863  transcriptional regulator, TetR family  32.03 
 
 		 209 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3380  regulatory protein, TetR  32.97 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386273  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2249  transcriptional regulator, TetR family  33.65 
 
 		 228 aa  50.8  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.115177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 243 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 235 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0191  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2337  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 199 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.784236 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3827  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4343  transcriptional regulator, TetR family  37.96 
 
 		 225 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0349599  decreased coverage  0.000000750918 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 255 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2488  TetR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0524247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1940  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 247 aa  50.1  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  28.48 
 
 		 240 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  42.59 
 
 		 230 aa  50.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0636  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0304513 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 242 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0817  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 212 aa  50.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44980  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 215 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5283  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 208 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>