203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1360 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1360  DNA primase small subunit  100 
 
 		 318 aa  619  1e-176  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3663  DNA primase, small subunit  63.73 
 
 		 339 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.735103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0553  DNA primase small subunit  62.83 
 
 		 335 aa  361  9e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  64.26 
 
 		 319 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  63.34 
 
 		 319 aa  350  1e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4169  DNA primase small subunit  61.51 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  63.82 
 
 		 310 aa  346  4e-94  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  63.82 
 
 		 310 aa  346  4e-94  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1933  hypothetical protein  60.53 
 
 		 318 aa  326  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4421  DNA primase, small subunit  60.07 
 
 		 326 aa  311  1e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.569528 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2717  DNA primase small subunit  58.26 
 
 		 326 aa  307  1.0000000000000001e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00546192  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  37.46 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  37.46 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  33.33 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  38.36 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  38.26 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.71 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  35.46 
 
 		 340 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  36.46 
 
 		 302 aa  139  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  34.95 
 
 		 815 aa  139  8.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.14 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.66 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.26 
 
 		 847 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  30.79 
 
 		 352 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.29 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  37.89 
 
 		 684 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.23 
 
 		 868 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  37.91 
 
 		 656 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  39.77 
 
 		 658 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15620  DNA polymerase LigD, polymerase domain  34.49 
 
 		 353 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.19081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  35.85 
 
 		 868 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  36.6 
 
 		 846 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  39.57 
 
 		 683 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  37.55 
 
 		 896 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  34.42 
 
 		 816 aa  129  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.23 
 
 		 896 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  33.83 
 
 		 527 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.42 
 
 		 861 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  36.7 
 
 		 380 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  31.85 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.94 
 
 		 302 aa  126  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.53 
 
 		 818 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.47 
 
 		 856 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  35.97 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  36.3 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  34.9 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  35.54 
 
 		 825 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.09 
 
 		 355 aa  123  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 		 828 aa  123  5e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.46 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  29.49 
 
 		 815 aa  122  6e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.52 
 
 		 305 aa  122  9e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.68 
 
 		 877 aa  121  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  37.39 
 
 		 843 aa  121  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.74 
 
 		 902 aa  122  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.12 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.96 
 
 		 357 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  34.39 
 
 		 758 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  34.39 
 
 		 758 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  34.88 
 
 		 882 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  32.06 
 
 		 865 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  34.57 
 
 		 427 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.56 
 
 		 845 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  33.58 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.55 
 
 		 544 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.48 
 
 		 855 aa  119  4.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  34.11 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  35.77 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.88 
 
 		 778 aa  118  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  34.36 
 
 		 847 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  31.99 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  27.2 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  30.25 
 
 		 813 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  33.91 
 
 		 878 aa  117  1.9999999999999998e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  33.99 
 
 		 758 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  34.36 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.45 
 
 		 834 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.16 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  33.71 
 
 		 334 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  37.13 
 
 		 1163 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.14 
 
 		 871 aa  116  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  37.13 
 
 		 980 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3665  hypothetical protein  33.09 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.54 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.36 
 
 		 858 aa  115  6.9999999999999995e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.86 
 
 		 864 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  33.95 
 
 		 825 aa  115  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.94 
 
 		 940 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  36.63 
 
 		 1157 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  36.64 
 
 		 759 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.14 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0821  DNA primase small subunit  32.09 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.33 
 
 		 797 aa  114  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.72 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  35.14 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  35.14 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  35.14 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  33.45 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.13 
 
 		 895 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>