178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0210 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 244 aa  484  1e-136  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  36.13 
 
 		 246 aa  142  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 251 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  38.81 
 
 		 275 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 254 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  35.17 
 
 		 257 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  41.81 
 
 		 209 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 278 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 260 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  36.94 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  38.36 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  37.84 
 
 		 249 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 		 246 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  38.12 
 
 		 238 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  36.07 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  34.56 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  35.55 
 
 		 226 aa  128  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  38.43 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  35.39 
 
 		 243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 203 aa  126  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  32.08 
 
 		 265 aa  125  7e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 249 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 230 aa  125  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  34.57 
 
 		 241 aa  123  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  34.17 
 
 		 273 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  34.1 
 
 		 258 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  37.62 
 
 		 242 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 248 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  35.83 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  36.53 
 
 		 248 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  32.91 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 248 aa  112  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  36.76 
 
 		 196 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  36.21 
 
 		 223 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  34.86 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  26.43 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  27.23 
 
 		 275 aa  90.9  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  27.63 
 
 		 228 aa  90.1  2e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  27.31 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  26.13 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  27.6 
 
 		 272 aa  85.9  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  26.73 
 
 		 271 aa  85.5  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  30.62 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  30.29 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  30.43 
 
 		 227 aa  79.3  0.00000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  35.86 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  35.86 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  30.14 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  29.36 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  25.45 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  28.38 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  25.19 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  28.64 
 
 		 225 aa  69.3  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 221 aa  68.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  32.54 
 
 		 138 aa  67  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  28.11 
 
 		 223 aa  66.6  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  28.45 
 
 		 253 aa  66.2  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  25.81 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  25.81 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  25.81 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  25.81 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  22.02 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  27.36 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  24.31 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  23.72 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  25.35 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  31.08 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  30.77 
 
 		 225 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  31.08 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  24.31 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  33.13 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  26.61 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  25.59 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  25.59 
 
 		 221 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  29.92 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  25.12 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  31.78 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  30.59 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  27.88 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  29.55 
 
 		 244 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  30.48 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  32.32 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  26.46 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  28.76 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  30.59 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>