More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5142 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1373  preprotein translocase subunit SecD  67.14 
 
 		 607 aa  731    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.082287 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5142  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 680 aa  1317    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75892  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6109  Preprotein translocase subunit SecD-like protein  45.87 
 
 		 581 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2113  protein-export membrane protein SecD  43.46 
 
 		 584 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0110466  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3051  protein-export membrane protein SecD  42.5 
 
 		 684 aa  382  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17550  protein-export membrane protein SecD  39.62 
 
 		 714 aa  379  1e-103  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.122587 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1341  preprotein translocase subunit SecD  43.39 
 
 		 605 aa  373  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.022847  normal  0.845506 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15100  protein-export membrane protein SecD  39.38 
 
 		 603 aa  371  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1812  protein-export membrane protein SecD  39.66 
 
 		 666 aa  363  6e-99  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.279659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1996  protein-export membrane protein SecD  40.13 
 
 		 670 aa  360  4e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.391205  normal  0.0633632 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1695  protein-export membrane protein SecD  41.6 
 
 		 632 aa  353  5e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1802  protein-export membrane protein SecD  40.44 
 
 		 653 aa  352  8.999999999999999e-96  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.414477  decreased coverage  0.00000714928 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2389  preprotein translocase subunit SecD  39.93 
 
 		 564 aa  347  3e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3174  protein-export membrane protein SecD  51.75 
 
 		 566 aa  343  8e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.761403  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15310  protein-export membrane protein SecD  38.82 
 
 		 640 aa  331  3e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.540675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1366  protein-export membrane protein SecD  36.64 
 
 		 620 aa  323  7e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.25927 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1798  protein-export membrane protein SecD  47.18 
 
 		 606 aa  314  3.9999999999999997e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.427171  normal  0.154883 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2061  protein-export membrane protein SecD  39.93 
 
 		 547 aa  312  1e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.789489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2356  protein-export membrane protein SecD  50 
 
 		 674 aa  307  3e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3824  protein-export membrane protein SecD  47.42 
 
 		 656 aa  293  8e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.729051 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13980  protein-export membrane protein SecD  36.04 
 
 		 661 aa  290  5.0000000000000004e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3816  preprotein translocase subunit SecD  48.8 
 
 		 617 aa  287  4e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.258625  normal  0.421333 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2304  protein-export membrane protein SecD  48.97 
 
 		 550 aa  282  2e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12860  protein-export membrane protein SecD  42.97 
 
 		 620 aa  274  3e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.258671  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2299  preprotein translocase subunit SecD  39.16 
 
 		 585 aa  273  7e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.844455  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3391  protein-export membrane protein SecD  49.53 
 
 		 649 aa  270  7e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000226578  hitchhiker  0.0000733205 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1942  protein-export membrane protein SecD  45.34 
 
 		 538 aa  270  8.999999999999999e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0269026  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2583  preprotein translocase subunit SecD  47.78 
 
 		 599 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.321622  normal  0.917688 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1670  protein-export membrane protein SecD  42.31 
 
 		 635 aa  268  2e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2029  preprotein translocase subunit SecD  41.53 
 
 		 585 aa  247  6e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000877869 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2276  preprotein translocase subunit SecD  47.78 
 
 		 598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2323  preprotein translocase subunit SecD  47.78 
 
 		 598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.388488  normal  0.491542 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2315  preprotein translocase subunit SecD  47.78 
 
 		 598 aa  244  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.534551  normal  0.509852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12607  preprotein translocase subunit SecD  45.75 
 
 		 573 aa  238  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.455392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0945  protein-export membrane protein SecD  45.36 
 
 		 496 aa  213  7e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 		 534 aa  176  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.59 
 
 		 530 aa  173  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  38.19 
 
 		 533 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  32.11 
 
 		 532 aa  171  4e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  37.24 
 
 		 533 aa  170  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  38.98 
 
 		 532 aa  170  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  36.9 
 
 		 532 aa  170  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  37.04 
 
 		 900 aa  168  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  39.24 
 
 		 533 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  39.37 
 
 		 530 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  38.58 
 
 		 533 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  38.37 
 
 		 533 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  37.15 
 
 		 533 aa  165  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  35.54 
 
 		 594 aa  165  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 		 533 aa  165  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  35.54 
 
 		 594 aa  165  3e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.86 
 
 		 856 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  41.95 
 
 		 465 aa  164  6e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  42.42 
 
 		 465 aa  163  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  35.93 
 
 		 445 aa  162  2e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  39.85 
 
 		 532 aa  160  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  39.45 
 
 		 531 aa  160  9e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  38.78 
 
 		 411 aa  160  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  38.35 
 
 		 472 aa  159  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  39.08 
 
 		 531 aa  159  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  38.13 
 
 		 535 aa  159  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.58 
 
 		 853 aa  158  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  33.81 
 
 		 989 aa  156  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.77 
 
 		 762 aa  155  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  33.42 
 
 		 457 aa  154  4e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  39 
 
 		 525 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  37.55 
 
 		 534 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  36.26 
 
 		 531 aa  153  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  38.87 
 
 		 533 aa  153  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0092  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.51 
 
 		 995 aa  152  1e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  34.68 
 
 		 410 aa  153  1e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  37.35 
 
 		 535 aa  152  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  36.73 
 
 		 464 aa  152  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  34.14 
 
 		 487 aa  152  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  37.23 
 
 		 759 aa  151  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07200  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  36.64 
 
 		 855 aa  151  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  35.41 
 
 		 554 aa  151  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  35.32 
 
 		 532 aa  151  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  38.86 
 
 		 533 aa  151  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  36.96 
 
 		 533 aa  150  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12600  protein-export membrane protein SecF/protein-export membrane protein SecD  33.22 
 
 		 977 aa  150  5e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  36.9 
 
 		 554 aa  150  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  38.4 
 
 		 530 aa  150  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  36.22 
 
 		 532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  36.73 
 
 		 512 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  35.97 
 
 		 740 aa  148  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  37.98 
 
 		 461 aa  148  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  36.03 
 
 		 403 aa  148  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  35.21 
 
 		 406 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  35.83 
 
 		 524 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  38.64 
 
 		 533 aa  147  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  33.44 
 
 		 473 aa  146  1e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  36.67 
 
 		 535 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  35.07 
 
 		 399 aa  145  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  37.8 
 
 		 474 aa  145  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  35.05 
 
 		 423 aa  145  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  33.84 
 
 		 416 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  34 
 
 		 495 aa  144  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  35.8 
 
 		 413 aa  144  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  37.1 
 
 		 537 aa  143  9e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>