116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3524 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3524  recombination regulator RecX  100 
 
 		 202 aa  387  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65636  normal  0.0657793 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1220  recombination regulator RecX  69.08 
 
 		 199 aa  185  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401061  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2217  hypothetical protein  54.37 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4182  regulatory protein RecX  48.7 
 
 		 192 aa  132  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.463928  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1426  regulatory protein RecX  52.74 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.032748 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0804  recombination regulator RecX  48.72 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17680  hypothetical protein  50 
 
 		 205 aa  129  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.331933  normal  0.823175 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3918  regulatory protein RecX  50 
 
 		 222 aa  128  5.0000000000000004e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1546  regulatory protein RecX  50.33 
 
 		 201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.953551  normal  0.0345212 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1119  regulatory protein RecX  51.33 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13349  normal  0.174575 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1390  regulatory protein RecX  52.08 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0438385 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2342  regulatory protein RecX  48.34 
 
 		 202 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27810  hypothetical protein  44.08 
 
 		 179 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0393178 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3292  regulatory protein RecX  51.35 
 
 		 163 aa  121  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108519  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1582  regulatory protein RecX  42.18 
 
 		 357 aa  116  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.57271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3974  recombination regulator RecX  45.75 
 
 		 191 aa  115  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0667  regulatory protein RecX  44.51 
 
 		 194 aa  115  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.331678  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2421  recombination regulator RecX  46.41 
 
 		 184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.47552  normal  0.0671144 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3993  regulatory protein RecX  48.37 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.143905  normal  0.267659 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2447  regulatory protein RecX  46.95 
 
 		 186 aa  104  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405544  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1786  regulatory protein RecX  41.57 
 
 		 198 aa  101  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1461  regulatory protein RecX  42.76 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0573572  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12749  recombination regulator RecX  44 
 
 		 174 aa  97.8  9e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000791448  normal  0.2039 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2148  recombination regulator RecX  42.67 
 
 		 183 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2194  recombination regulator RecX  42.67 
 
 		 183 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0540009 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2135  recombination regulator RecX  41.33 
 
 		 183 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.964085  hitchhiker  0.00278139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1420  regulatory protein RecX  44.83 
 
 		 167 aa  97.1  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1493  regulatory protein RecX  46.97 
 
 		 137 aa  93.6  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.710342 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1463  regulatory protein RecX  39.86 
 
 		 160 aa  90.1  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000398524 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07240  regulatory protein RecX  39.26 
 
 		 338 aa  90.1  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.858838  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2203  regulatory protein RecX  40 
 
 		 170 aa  86.3  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10540  hypothetical protein  39.06 
 
 		 195 aa  84.7  8e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.405864  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23190  hypothetical protein  35.44 
 
 		 217 aa  83.2  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.245779 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1491  regulatory protein RecX  45.13 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.512381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0073  regulatory protein RecX  32.21 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1243  regulatory protein RecX  38.16 
 
 		 216 aa  75.9  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1832  regulatory protein RecX  29.93 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000237613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3117  regulatory protein RecX  34.01 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000463252  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1746  regulatory protein RecX  40.48 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0135931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0661  regulatory protein RecX  38.26 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1334  recombination regulator RecX  32.93 
 
 		 269 aa  65.1  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1489  regulatory protein RecX  27.89 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2961  regulatory protein RecX  33.8 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00629613  hitchhiker  0.0000594153 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4193  regulatory protein RecX  30 
 
 		 228 aa  64.3  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1607  regulatory protein RecX  28.57 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1353  regulatory protein RecX  27.21 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0457  recombination regulator RecX  27.03 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11880  regulatory protein RecX  25.74 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  32.65 
 
 		 152 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  34.01 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1424  regulatory protein RecX  34.9 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.562639  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0427  recombination regulator RecX  30.34 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.600852  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1080  regulatory protein RecX  32.89 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.34554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1042  regulatory protein RecX  32.89 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  34 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3247  regulatory protein RecX  32.12 
 
 		 179 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.168045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  36.36 
 
 		 162 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  35.57 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  34.67 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0672  hypothetical protein  22.78 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.564441  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  44 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1645  recombination regulator RecX  25.18 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  35.33 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1292  regulatory protein RecX  30.77 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0079197  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  34.75 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0703  regulatory protein RecX  28.82 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0406  recombination regulator RecX  27.74 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.678141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1022  regulatory protein RecX  25.5 
 
 		 153 aa  53.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1311  regulatory protein RecX  20.55 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.026843  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2558  hypothetical protein  31.85 
 
 		 181 aa  52.4  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3102  regulatory protein RecX  25 
 
 		 152 aa  52.8  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.93172 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2010  regulatory protein RecX  25.33 
 
 		 151 aa  52.4  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.71121 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0854  recombination regulator RecX  30.33 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000653811  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  29.73 
 
 		 156 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  30.46 
 
 		 156 aa  52  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0082  regulatory protein RecX  29.7 
 
 		 156 aa  51.2  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.358521  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1618  regulatory protein RecX  36 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000117054  hitchhiker  0.000000000911842 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1474  regulatory protein RecX  27.41 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00176584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3105  regulatory protein RecX  26.45 
 
 		 164 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000201056  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2350  recombination regulator RecX  27.27 
 
 		 160 aa  50.1  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  30.23 
 
 		 149 aa  49.3  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0677  regulatory protein RecX  21.05 
 
 		 217 aa  49.3  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114486  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 156 aa  49.3  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0157  regulatory protein RecX  28.78 
 
 		 161 aa  48.9  0.00005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3159  regulatory protein RecX  29.56 
 
 		 154 aa  48.9  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.975837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5048  regulatory protein RecX  23.33 
 
 		 151 aa  48.9  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  44.87 
 
 		 161 aa  48.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0412  recombination regulator RecX  15.86 
 
 		 258 aa  47.8  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  35.04 
 
 		 153 aa  47.8  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  36.09 
 
 		 152 aa  47.4  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1378  recombination regulator RecX  22.07 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.122405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  27.89 
 
 		 156 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  31.39 
 
 		 156 aa  46.6  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  31.39 
 
 		 154 aa  47  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  32.09 
 
 		 137 aa  46.2  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  28.67 
 
 		 152 aa  46.2  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  27.21 
 
 		 156 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1159  regulatory protein RecX  28.74 
 
 		 129 aa  45.1  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  27.21 
 
 		 156 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02847  Regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>