62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2558 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2558  hypothetical protein  100 
 
 		 181 aa  345  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0822  hypothetical protein  46.84 
 
 		 222 aa  105  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0639  regulatory protein RecX  38.89 
 
 		 198 aa  73.2  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3614  regulatory protein RecX  33.53 
 
 		 177 aa  62.4  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0968404  normal  0.0145354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3541  hypothetical protein  35.71 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.795937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0520  regulatory protein RecX  45.1 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.697996  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2037  regulatory protein RecX  42.57 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4182  regulatory protein RecX  35.53 
 
 		 192 aa  54.7  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.463928  normal  0.171516 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1418  hypothetical protein  35.91 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5814  recombination regulator RecX  32.09 
 
 		 185 aa  53.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.449871  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3064  hypothetical protein  32.77 
 
 		 195 aa  53.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  32.65 
 
 		 156 aa  52  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  34 
 
 		 152 aa  52.4  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  31.58 
 
 		 154 aa  50.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3247  regulatory protein RecX  33.14 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.168045 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1119  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 254 aa  48.9  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13349  normal  0.174575 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3974  recombination regulator RecX  32.45 
 
 		 191 aa  48.9  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0804  recombination regulator RecX  31.41 
 
 		 185 aa  47  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.237027  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1493  regulatory protein RecX  34.35 
 
 		 137 aa  46.6  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.710342 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  34.21 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  26.28 
 
 		 150 aa  45.8  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2135  recombination regulator RecX  32 
 
 		 183 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.964085  hitchhiker  0.00278139 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2203  regulatory protein RecX  28.95 
 
 		 170 aa  45.1  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  30.83 
 
 		 166 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  30.83 
 
 		 166 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  30.83 
 
 		 166 aa  44.7  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0997  recombination regulator RecX  28.93 
 
 		 162 aa  44.7  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0661  regulatory protein RecX  33.97 
 
 		 225 aa  44.7  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 166 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2217  hypothetical protein  31.88 
 
 		 220 aa  44.7  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  29.27 
 
 		 150 aa  44.3  0.0009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  27.64 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  30 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06801  hypothetical protein  27.64 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 166 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 166 aa  43.9  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27810  hypothetical protein  29.94 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0393178 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1220  recombination regulator RecX  30.56 
 
 		 199 aa  44.3  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401061  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  32.61 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3524  recombination regulator RecX  31.21 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65636  normal  0.0657793 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2148  recombination regulator RecX  31.43 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2194  recombination regulator RecX  31.43 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0540009 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  30.08 
 
 		 166 aa  43.5  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2421  recombination regulator RecX  33.33 
 
 		 184 aa  42.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.47552  normal  0.0671144 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0200  regulatory protein RecX  32.7 
 
 		 155 aa  42.4  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0164158 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1049  regulatory protein RecX  24.11 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00125006  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  31.58 
 
 		 153 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1546  regulatory protein RecX  33.93 
 
 		 201 aa  42  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.953551  normal  0.0345212 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0703  regulatory protein RecX  25.62 
 
 		 204 aa  42  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07240  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 338 aa  41.6  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.858838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0147  regulatory protein RecX  34.42 
 
 		 159 aa  41.6  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4261  recombination regulator RecX  29.41 
 
 		 183 aa  41.6  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.288884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  27.7 
 
 		 152 aa  41.2  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3292  regulatory protein RecX  33.55 
 
 		 163 aa  40.8  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108519  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1693  hypothetical protein  42.42 
 
 		 84 aa  40.8  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00217946  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>