195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1049 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1049  regulatory protein RecX  100 
 
 		 206 aa  410  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00125006  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0677  regulatory protein RecX  37.19 
 
 		 217 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114486  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0073  regulatory protein RecX  32.84 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1832  regulatory protein RecX  30.58 
 
 		 210 aa  98.2  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000237613  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1489  regulatory protein RecX  30.5 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1746  regulatory protein RecX  27.05 
 
 		 221 aa  85.1  6e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0135931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1889  recombination regulator RecX  29.61 
 
 		 212 aa  84.7  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1353  regulatory protein RecX  30.65 
 
 		 214 aa  84.7  9e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2178  recombination regulator RecX  29.61 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1607  regulatory protein RecX  30.15 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1626  regulatory protein RecX  32 
 
 		 198 aa  81.3  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0011722  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  35.34 
 
 		 149 aa  80.9  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1370  recombination regulator RecX  30.3 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000852349  hitchhiker  0.000000015244 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3102  regulatory protein RecX  39.39 
 
 		 152 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.93172 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0672  hypothetical protein  30.15 
 
 		 267 aa  78.2  0.00000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.564441  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4193  regulatory protein RecX  28.71 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1645  recombination regulator RecX  30.88 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2135  recombination regulator RecX  34.09 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.964085  hitchhiker  0.00278139 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2148  recombination regulator RecX  33.33 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3016  regulatory protein RecX  31.91 
 
 		 155 aa  73.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2194  recombination regulator RecX  33.33 
 
 		 183 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0540009 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3974  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 191 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2421  recombination regulator RecX  31.33 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.47552  normal  0.0671144 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2010  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 151 aa  70.9  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.71121 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12749  recombination regulator RecX  30.15 
 
 		 174 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000791448  normal  0.2039 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1807  regulatory protein RecX  31.21 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1378  recombination regulator RecX  26.63 
 
 		 264 aa  68.6  0.00000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.122405  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2350  recombination regulator RecX  29.29 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  27.97 
 
 		 154 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  28.67 
 
 		 156 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0661  regulatory protein RecX  27.31 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0422  recombination regulator RecX  28.43 
 
 		 258 aa  68.2  0.00000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11880  regulatory protein RecX  32.17 
 
 		 159 aa  67.8  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829523  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1424  regulatory protein RecX  24.14 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.562639  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0412  recombination regulator RecX  24.02 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1698  hypothetical protein  26.7 
 
 		 271 aa  65.1  0.0000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0406  recombination regulator RecX  28.38 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.678141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  30.99 
 
 		 150 aa  64.3  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0457  recombination regulator RecX  27.18 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  27.14 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1474  regulatory protein RecX  31.16 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00176584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2961  regulatory protein RecX  25.52 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00629613  hitchhiker  0.0000594153 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27810  hypothetical protein  28.86 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0393178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  27.86 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1927  recombination regulator RecX  27.09 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1961  recombination regulator RecX  27.09 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1334  recombination regulator RecX  28.93 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2438  regulatory protein RecX  26.67 
 
 		 213 aa  62  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000098324  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  30.83 
 
 		 168 aa  62  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  31.51 
 
 		 157 aa  62  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0427  recombination regulator RecX  31.54 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.600852  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  27.27 
 
 		 161 aa  62  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0082  regulatory protein RecX  30.87 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.358521  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3177  regulatory protein RecX  28.37 
 
 		 163 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0147  regulatory protein RecX  28.37 
 
 		 159 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  29.61 
 
 		 155 aa  60.5  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  30.28 
 
 		 152 aa  60.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2203  regulatory protein RecX  27.27 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0200  regulatory protein RecX  29.73 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0164158 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1311  regulatory protein RecX  27.78 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.026843  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0437  recombination regulator RecX  29.41 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3292  regulatory protein RecX  27.46 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108519  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  31.25 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1390  regulatory protein RecX  27.69 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0438385 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0572  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0571  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0426  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2407  putative regulatory protein RecX  25.37 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.457695  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0667  regulatory protein RecX  25.35 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.331678  normal  0.172343 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1220  recombination regulator RecX  25.74 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401061  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0430  recombination regulator RecX  33.54 
 
 		 270 aa  58.2  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0519  recombination regulator RecX  30.72 
 
 		 270 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0487  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1119  regulatory protein RecX  25.52 
 
 		 254 aa  58.2  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13349  normal  0.174575 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0516  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.342634  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0497  recombination regulator RecX  32.92 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4804  recombination regulator RecX  30.72 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0102051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3046  regulatory protein RecX  30.14 
 
 		 163 aa  58.2  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0143268 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0961  regulatory protein RecX  29.58 
 
 		 161 aa  57.8  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0184382  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0433  recombination regulator RecX  31.06 
 
 		 270 aa  57.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  30.34 
 
 		 148 aa  57  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0441  regulatory protein RecX  29.55 
 
 		 262 aa  57  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2342  regulatory protein RecX  29.03 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3117  regulatory protein RecX  22.84 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000463252  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1292  regulatory protein RecX  33.65 
 
 		 150 aa  57  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0079197  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0139  hypothetical protein  27.89 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1166  regulatory protein RecX  28.41 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1426  regulatory protein RecX  25.95 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.032748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  29.29 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0939  regulatory protein RecX  28.87 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000896093  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2217  hypothetical protein  24.83 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  25.36 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  29.08 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  27.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  27.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  27.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  27.33 
 
 		 285 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  27.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  30.71 
 
 		 155 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  27.33 
 
 		 166 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>