185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1216 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  53.95 
 
 		 163 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1197  regulatory protein RecX  54.48 
 
 		 152 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  48.59 
 
 		 145 aa  143  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2746  regulatory protein RecX  51.56 
 
 		 137 aa  140  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3125  regulatory protein RecX  50.81 
 
 		 137 aa  135  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3268  regulatory protein RecX  50.81 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3116  regulatory protein RecX  50 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  43.66 
 
 		 155 aa  130  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  42.18 
 
 		 155 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1126  regulatory protein RecX  48.72 
 
 		 123 aa  114  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1127  regulatory protein RecX  52.14 
 
 		 123 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  38.52 
 
 		 149 aa  110  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  41.3 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3429  regulatory protein RecX  49.59 
 
 		 127 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  40 
 
 		 152 aa  104  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  36.36 
 
 		 168 aa  97.4  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06801  hypothetical protein  39.1 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  39.1 
 
 		 143 aa  92  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1304  recombination regulator RecX  34.75 
 
 		 154 aa  91.3  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  33.79 
 
 		 163 aa  89.4  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  34.31 
 
 		 156 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  33.58 
 
 		 156 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  31.13 
 
 		 162 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.5  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 166 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  33.58 
 
 		 156 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  32.06 
 
 		 161 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3212  recombination regulator RecX  30.07 
 
 		 164 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  31.69 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  34.09 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  34.56 
 
 		 150 aa  81.6  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0997  recombination regulator RecX  32.45 
 
 		 162 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  35.25 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  33.78 
 
 		 168 aa  81.3  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  31.47 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  33.82 
 
 		 150 aa  80.5  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0982  recombination regulator RecX  31.33 
 
 		 162 aa  80.5  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  34.65 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3374  recombination regulator RecX  40.82 
 
 		 187 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  30.28 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  40.82 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  30.99 
 
 		 153 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  36.64 
 
 		 153 aa  77.8  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  30.66 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3016  regulatory protein RecX  32.28 
 
 		 155 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  32.09 
 
 		 156 aa  77  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  31.91 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  29.25 
 
 		 153 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  28.87 
 
 		 152 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  30.83 
 
 		 152 aa  74.3  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  31.39 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  29.58 
 
 		 155 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  24.43 
 
 		 160 aa  72  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1733  inhibitor/regulator of recA, recX  30.46 
 
 		 373 aa  70.9  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.122628  normal  0.0971818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  34.33 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2015  putative inhibitor/regulator of RecA, RecX  31.21 
 
 		 373 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  31.3 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  31.3 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02847  Regulatory protein RecX  33.09 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168655  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  29.41 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  29.05 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0854  recombination regulator RecX  29.71 
 
 		 222 aa  63.5  0.0000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000653811  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2629  transcriptional regulator for RecA  29.41 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.916509 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  28.57 
 
 		 156 aa  62  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0456  recombination regulator RecX  31.82 
 
 		 159 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5194  regulatory protein RecX  28.87 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.910753  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  29.93 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  31.16 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4684  regulatory protein RecX  29.13 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00211486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0933  regulatory protein RecX  29.66 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1051  regulatory protein RecX  29.66 
 
 		 150 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0599786 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07470  hypothetical protein  28.97 
 
 		 233 aa  60.5  0.000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0298056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  29.29 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0778  regulatory protein RecX  29.92 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000705154  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  30.15 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1832  regulatory protein RecX  31.06 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000237613  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0552  recombination regulator RecX  29.69 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5978  recombination regulator RecX  30.28 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.129399 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  30.28 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2572  recombination regulator RecX  30.28 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0441  regulatory protein RecX  30.28 
 
 		 262 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1832  regulatory protein RecX  33.11 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0346429  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1982  hypothetical protein  27.95 
 
 		 411 aa  57.8  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2669  regulatory protein recX  33.33 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2040  recombination regulator RecX  32.87 
 
 		 297 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2651  recombination regulator RecX  32.87 
 
 		 297 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>