186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2198 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  100 
 
 		 153 aa  305  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  44.22 
 
 		 155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3955  regulatory protein RecX  44.6 
 
 		 168 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.318478  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0552  recombination regulator RecX  42.47 
 
 		 159 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2040  recombination regulator RecX  43.75 
 
 		 297 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2651  recombination regulator RecX  43.75 
 
 		 297 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2698  recombination regulator RecX  42.47 
 
 		 293 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0456  recombination regulator RecX  43.36 
 
 		 159 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0644  recombination regulator RecX  44.85 
 
 		 325 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.490193  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0472  recombination regulator RecX  43.36 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2572  recombination regulator RecX  42.47 
 
 		 293 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2680  recombination regulator RecX  43.75 
 
 		 302 aa  111  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.521249  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0273  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0973  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2673  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2403  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0811  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0016  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0815  recombination regulator RecX  42.65 
 
 		 327 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.107305  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4684  regulatory protein RecX  41.01 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00211486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0020  regulatory protein RecX  43.17 
 
 		 150 aa  107  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0441  regulatory protein RecX  41.91 
 
 		 262 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0672  regulatory protein RecX  43.15 
 
 		 235 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.175014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5194  regulatory protein RecX  43.26 
 
 		 150 aa  107  8.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.910753  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4002  regulatory protein RecX  43.8 
 
 		 151 aa  106  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.610217 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3352  regulatory protein RecX  43.8 
 
 		 151 aa  106  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  47.52 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3294  regulatory protein RecX  42.47 
 
 		 235 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.808849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  40.28 
 
 		 285 aa  105  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5978  recombination regulator RecX  41.1 
 
 		 289 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.129399 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  43.36 
 
 		 157 aa  105  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4151  regulatory protein RecX  41.3 
 
 		 185 aa  104  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0528  recombination regulator RecX  37.41 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00754387  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0467  recombination regulator RecX  40.82 
 
 		 182 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  40 
 
 		 153 aa  100  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  46.67 
 
 		 161 aa  100  7e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0873  regulatory protein RecX  36.76 
 
 		 158 aa  94.7  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473072 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4641  regulatory protein RecX  39.01 
 
 		 156 aa  94.4  5e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0074  putative regulatory protein RecX  38.55 
 
 		 169 aa  91.7  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.362102 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  41.96 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  38.73 
 
 		 153 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  40.43 
 
 		 156 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  40.43 
 
 		 156 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  41.33 
 
 		 152 aa  89.4  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  38.89 
 
 		 152 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  39.58 
 
 		 155 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  38.57 
 
 		 153 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  38.3 
 
 		 156 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  39.01 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1548  regulatory protein RecX  36.88 
 
 		 172 aa  85.9  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000023294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  39.01 
 
 		 156 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  43.28 
 
 		 148 aa  85.5  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  36.3 
 
 		 149 aa  83.6  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  35.46 
 
 		 150 aa  82  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1832  regulatory protein RecX  37.58 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0346429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  36.88 
 
 		 155 aa  81.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  36.17 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  39.55 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  39.47 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3159  regulatory protein RecX  38.93 
 
 		 154 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.975837  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  34.53 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  34.53 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  36.64 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  33.83 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  36.96 
 
 		 152 aa  77  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  35.34 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  39.86 
 
 		 138 aa  75.9  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  41.46 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02847  Regulatory protein RecX  39.84 
 
 		 153 aa  72.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168655  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  35.77 
 
 		 168 aa  72  0.000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  33.54 
 
 		 168 aa  72  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0406  recombination regulator RecX  36.03 
 
 		 178 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.678141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  38.69 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  36.03 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  29.86 
 
 		 163 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  34.62 
 
 		 166 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  34.81 
 
 		 152 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  36.3 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  33.97 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  33.97 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  33.97 
 
 		 166 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  33.33 
 
 		 166 aa  67  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2010  regulatory protein RecX  34.56 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.71121 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4193  regulatory protein RecX  35.71 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  34.04 
 
 		 156 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  30.2 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  34.72 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1474  regulatory protein RecX  26.62 
 
 		 152 aa  63.9  0.0000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00176584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2961  regulatory protein RecX  34.39 
 
 		 227 aa  63.9  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00629613  hitchhiker  0.0000594153 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3102  regulatory protein RecX  34.44 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.93172 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  33.58 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1746  regulatory protein RecX  37.59 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0135931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1733  inhibitor/regulator of recA, recX  33.12 
 
 		 373 aa  62.8  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.122628  normal  0.0971818 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11880  regulatory protein RecX  28.37 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829523  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1353  regulatory protein RecX  31.65 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1390  regulatory protein RecX  39.32 
 
 		 226 aa  61.2  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0438385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1197  regulatory protein RecX  32.62 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1645  recombination regulator RecX  32.8 
 
 		 165 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0854  recombination regulator RecX  32.12 
 
 		 222 aa  60.8  0.000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000653811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>