More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0875 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 77 aa  153  6e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  43.94 
 
 		 255 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 252 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1555  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 181 aa  57.4  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 433 aa  55.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 213 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3344  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  39.06 
 
 		 206 aa  53.9  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  41.38 
 
 		 143 aa  53.5  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 184 aa  53.9  0.0000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 181 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 182 aa  53.5  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  36.92 
 
 		 196 aa  52.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0238  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  39.39 
 
 		 199 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 77 aa  53.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 244 aa  53.5  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1604  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 175 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000175154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4068  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 432 aa  53.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.231317 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 199 aa  52.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 181 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  45.16 
 
 		 180 aa  52.8  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 181 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 199 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3096  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 192 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00124629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 118 aa  52  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 92 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  36.67 
 
 		 215 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 181 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  36.92 
 
 		 188 aa  52  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0105  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 199 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06770  predicted transcriptional regulator  39.39 
 
 		 106 aa  51.6  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  51.6  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 208 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 208 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 208 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  39.71 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 182 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 105 aa  51.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 206 aa  51.2  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 176 aa  51.2  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 203 aa  51.6  0.000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  39.71 
 
 		 182 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 181 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 403 aa  50.8  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6075  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 		 182 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 181 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69980  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 		 182 aa  50.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 187 aa  50.8  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47950  Cupin, RmlC-type protein  41.54 
 
 		 182 aa  50.8  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 188 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  50.8  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1419  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 64 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.138146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 219 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 182 aa  50.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 106 aa  50.8  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 178 aa  50.8  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 182 aa  50.8  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 182 aa  50.8  0.000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 199 aa  50.4  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 142 aa  50.4  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  38.81 
 
 		 182 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 182 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 184 aa  50.4  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 187 aa  50.4  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 470 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  36.92 
 
 		 245 aa  50.1  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 99 aa  50.1  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 198 aa  50.1  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 134 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 196 aa  50.1  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  36.11 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  36.11 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 199 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 184 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 193 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>