More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5555 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5555  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  560  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.417705 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4000  helix-turn-helix domain-containing protein  65.93 
 
 		 270 aa  373  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4790  Helix-turn-helix, AraC domain protein  61.8 
 
 		 268 aa  348  5e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.654902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3385  transcriptional regulator, AraC family  59.62 
 
 		 265 aa  329  3e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  0.653501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5700  transcriptional regulator, AraC family  46.97 
 
 		 269 aa  249  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.554273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  43.87 
 
 		 269 aa  230  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  42.35 
 
 		 268 aa  219  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0156  helix-turn-helix domain-containing protein  46.06 
 
 		 266 aa  218  6e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00245012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5462  transcriptional regulator, AraC family  43.7 
 
 		 261 aa  214  8e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.265033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  46.77 
 
 		 269 aa  214  9e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3141  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 271 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4142  transcriptional regulator, AraC family  39.71 
 
 		 275 aa  191  9e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.776945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4462  transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 		 271 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.981211  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  42.04 
 
 		 267 aa  185  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.74 
 
 		 270 aa  185  9e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  41.42 
 
 		 272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6177  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 269 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0365179 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1515  transcriptional regulator, AraC family  39.83 
 
 		 265 aa  179  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 272 aa  178  7e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  41.25 
 
 		 272 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 270 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3802  Helix-turn-helix, AraC domain protein  41.22 
 
 		 264 aa  176  5e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00633295  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6018  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 267 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5908  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3677  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 282 aa  115  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.627004  normal  0.14963 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4585  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0477904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6783  transcriptional regulator, AraC family  23.14 
 
 		 293 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1303  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 129 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.239353  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0914  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.294163  normal  0.0677642 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1991  helix-turn-helix domain-containing protein  29.45 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4679  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.603206  hitchhiker  0.000201737 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42390  transcriptional regulator ExsA  26.27 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.732807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003334  type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid)  24.89 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01697  hypothetical protein  22.42 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1054  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0050  thermoregulatory protein LcrF  33.33 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.24501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0360  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000460662  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2598  transcription regulator protein  34.07 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  25.17 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1968  transcriptional regulator, AraC family  25.82 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2766  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1799  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000057295  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 258 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  34.07 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  38.16 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 519 aa  59.3  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0109  AraC-like transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00170035  hitchhiker  0.00915457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4999  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 279 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  41.56 
 
 		 318 aa  58.9  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1186  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1063  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.81783  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0771  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.594317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 306 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1744  AraC-like transcriptional regulator  27.91 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00012602  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4307  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3330  AraC-like transcriptional regulator  25.94 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3981  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 288 aa  58.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 314 aa  57.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 367 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2898  transcriptional regulator, AraC family  24.5 
 
 		 282 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  22.83 
 
 		 295 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 145 aa  57  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3214  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 290 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.727682 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3526  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.382139  normal  0.568026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  49.12 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2248  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1004  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 351 aa  57  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.429935  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2227  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 368 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>