More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0758 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 256 aa  528  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.25 
 
 		 255 aa  207  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.19 
 
 		 252 aa  202  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 255 aa  201  7e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.46 
 
 		 253 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.45 
 
 		 249 aa  198  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.39 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.35 
 
 		 259 aa  191  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 258 aa  185  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.84 
 
 		 252 aa  184  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.61 
 
 		 252 aa  184  9e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.92 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 256 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.25 
 
 		 253 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 252 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.57 
 
 		 251 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.94 
 
 		 258 aa  164  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  32.68 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  34.51 
 
 		 254 aa  161  8.000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  34.51 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  36.92 
 
 		 255 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.57 
 
 		 260 aa  151  8.999999999999999e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.07 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.52 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.15 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 261 aa  141  8e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  31.54 
 
 		 255 aa  128  7.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  30.59 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.77 
 
 		 251 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  45.76 
 
 		 153 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  27.68 
 
 		 254 aa  95.5  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  26.24 
 
 		 279 aa  90.9  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  26.38 
 
 		 247 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.96 
 
 		 257 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.78 
 
 		 242 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  42.31 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  25.96 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.33 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 254 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.77 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.82 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.57 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.65 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.59 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  28.25 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.5 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  25.68 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  26.64 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  26.97 
 
 		 245 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  26.59 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.17 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 265 aa  73.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  24.52 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  28.92 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.04 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.43 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  23.04 
 
 		 261 aa  71.6  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  24.14 
 
 		 263 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.64 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  24.6 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28.08 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  23.46 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 253 aa  69.7  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  27.59 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.74 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  27.42 
 
 		 268 aa  69.3  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  25 
 
 		 243 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  29.76 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  23.05 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  27.73 
 
 		 276 aa  68.6  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  26.29 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  23.92 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  25.24 
 
 		 248 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.66 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  30.17 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  25.12 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  40.96 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.82 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  26.2 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  24.63 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  25.41 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  31.78 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  31.78 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  31.78 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  31.78 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 273 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>