More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5824 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 258 aa  530  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.7 
 
 		 259 aa  223  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.09 
 
 		 258 aa  212  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.98 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.23 
 
 		 256 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.02 
 
 		 256 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.61 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.86 
 
 		 261 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.69 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 253 aa  191  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.15 
 
 		 253 aa  191  9e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 260 aa  190  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  39 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 253 aa  186  4e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.6 
 
 		 265 aa  185  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.85 
 
 		 259 aa  186  5e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 256 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  39.85 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.31 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.01 
 
 		 251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.84 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  35.29 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.43 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.84 
 
 		 249 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  37.01 
 
 		 251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.15 
 
 		 251 aa  170  3e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.43 
 
 		 258 aa  168  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.02 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  33.46 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  35.63 
 
 		 254 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  33.73 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  41.83 
 
 		 153 aa  115  8.999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.24 
 
 		 275 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.74 
 
 		 268 aa  105  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 252 aa  105  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  28.14 
 
 		 254 aa  105  8e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.41 
 
 		 242 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  27.48 
 
 		 249 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.51 
 
 		 268 aa  101  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.91 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 251 aa  99.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.29 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.05 
 
 		 260 aa  98.2  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  29.82 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 237 aa  96.3  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  26.05 
 
 		 238 aa  95.9  6e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  28.73 
 
 		 268 aa  95.1  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.74 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.96 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  28.95 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 262 aa  93.2  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  29.64 
 
 		 273 aa  92.8  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  26.35 
 
 		 272 aa  92.4  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.86 
 
 		 263 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  29.73 
 
 		 259 aa  91.3  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.86 
 
 		 263 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  27 
 
 		 260 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.92 
 
 		 257 aa  89.7  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 317 aa  89.7  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  29.39 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  29.39 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.99 
 
 		 246 aa  88.6  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 141 aa  87.8  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.44 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.34 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.07 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  26.87 
 
 		 257 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.95 
 
 		 261 aa  85.9  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  25.1 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  26.67 
 
 		 261 aa  85.5  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  26.22 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6684  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  27.43 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  26.36 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  28.96 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.64 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.86 
 
 		 275 aa  82.8  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.23 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  28.88 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  27.27 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  26.77 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  26.97 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.26 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.32 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1533  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.726215  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3112  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.148941 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02012  hypothetical protein  27.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2259  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2413  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>