More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2789 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  100 
 
 		 254 aa  520  1e-146  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.65 
 
 		 259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.47 
 
 		 258 aa  226  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.08 
 
 		 259 aa  224  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.13 
 
 		 255 aa  222  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.31 
 
 		 260 aa  218  7e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  44.88 
 
 		 251 aa  216  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.25 
 
 		 256 aa  215  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.7 
 
 		 262 aa  202  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.11 
 
 		 265 aa  201  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.77 
 
 		 261 aa  199  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.3 
 
 		 256 aa  199  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.61 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.32 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.13 
 
 		 251 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  38.52 
 
 		 250 aa  191  7e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  40 
 
 		 243 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  43.92 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  39.06 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.47 
 
 		 252 aa  185  7e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 258 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 253 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  37.25 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.69 
 
 		 255 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.52 
 
 		 256 aa  166  5e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.84 
 
 		 251 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 253 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.51 
 
 		 256 aa  161  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.16 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.92 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 252 aa  142  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 253 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  28.24 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  44.92 
 
 		 153 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 247 aa  106  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 262 aa  106  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.21 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  27.84 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.69 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.73 
 
 		 275 aa  102  4e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.71 
 
 		 260 aa  102  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 270 aa  102  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.96 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.81 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 252 aa  99.8  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  30.62 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.76 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.41 
 
 		 251 aa  98.6  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.46 
 
 		 253 aa  97.8  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  26.27 
 
 		 236 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.07 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  28.63 
 
 		 238 aa  96.3  4e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.1 
 
 		 268 aa  95.1  8e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  28.63 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  28.63 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 263 aa  92.4  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 253 aa  92.8  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.78 
 
 		 237 aa  92.4  6e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  28.91 
 
 		 263 aa  92  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  47.79 
 
 		 141 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.15 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.96 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.94 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.35 
 
 		 275 aa  89.7  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1290  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.74 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.212023 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1224  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.24 
 
 		 260 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0890711 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  30.54 
 
 		 254 aa  89.4  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 273 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.83 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1227  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.58 
 
 		 277 aa  89  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299238  normal  0.813842 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.79 
 
 		 249 aa  89.4  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  26.5 
 
 		 261 aa  89  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  26.27 
 
 		 254 aa  88.6  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1352  two-component response regulator transcription regulator protein  27.35 
 
 		 270 aa  87.8  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  27 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.54 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.54 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  25.1 
 
 		 268 aa  87.8  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.54 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.54 
 
 		 246 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.18 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>