More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1836 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 258 aa  533  1e-150  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  44.23 
 
 		 259 aa  196  3e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.63 
 
 		 258 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.92 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.58 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.15 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.31 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  40.46 
 
 		 251 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.16 
 
 		 261 aa  174  8e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.4 
 
 		 262 aa  168  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.43 
 
 		 258 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  39.31 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  35.8 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.6 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.85 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.98 
 
 		 252 aa  155  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.88 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.5 
 
 		 259 aa  153  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.38 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.84 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.07 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  36.92 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.16 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 253 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  35.85 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.55 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.66 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.63 
 
 		 250 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.88 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.88 
 
 		 251 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  32.58 
 
 		 255 aa  141  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.38 
 
 		 252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  31.54 
 
 		 254 aa  122  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  31.42 
 
 		 240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 242 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.43 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  47.93 
 
 		 153 aa  101  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 317 aa  97.1  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 141 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.15 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  32.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.54 
 
 		 246 aa  92.4  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.04 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1224  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.57 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0890711 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 270 aa  90.1  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  29.69 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.12 
 
 		 266 aa  88.6  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  29.06 
 
 		 268 aa  85.9  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  28.24 
 
 		 266 aa  85.1  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.59 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1965  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  29.6 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.864475  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 273 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 275 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.04 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.25 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.15 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.78 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.2 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.47 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 252 aa  82.4  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  26.88 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  29.3 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 254 aa  81.6  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  29.07 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.75 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  26.34 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 260 aa  80.1  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  27.72 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 262 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.62 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.51 
 
 		 260 aa  79  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.84 
 
 		 251 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  27.95 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.05 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1819  LytTr DNA-binding response regulator  26.77 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.148301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  28.7 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.55 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0865  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.46 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.03 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  29.83 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  28.16 
 
 		 276 aa  75.5  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  26.11 
 
 		 243 aa  75.5  0.0000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  29.22 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.44 
 
 		 268 aa  75.5  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  25.9 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  25.98 
 
 		 246 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  28.44 
 
 		 248 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>