More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5335 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 253 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.46 
 
 		 252 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  42.35 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.76 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.14 
 
 		 249 aa  199  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.57 
 
 		 255 aa  196  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.89 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.85 
 
 		 253 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 258 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.45 
 
 		 258 aa  177  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.26 
 
 		 259 aa  168  9e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.15 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.11 
 
 		 256 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.05 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.91 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 265 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.57 
 
 		 251 aa  150  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  35.63 
 
 		 251 aa  149  4e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  33.99 
 
 		 250 aa  148  7e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.39 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.94 
 
 		 252 aa  145  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.55 
 
 		 258 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.95 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  33.33 
 
 		 254 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 255 aa  141  8e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.9 
 
 		 250 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  32.56 
 
 		 255 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 251 aa  135  8e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  32.56 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  26.19 
 
 		 240 aa  106  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 153 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  47.22 
 
 		 141 aa  95.1  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  29.58 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.75 
 
 		 246 aa  88.6  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  29.82 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.07 
 
 		 245 aa  87  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.06 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.63 
 
 		 244 aa  85.5  7e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.05 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.66 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2084  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30.81 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.74 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.58 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.58 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.58 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.58 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  27.53 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.58 
 
 		 246 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0410  response regulator receiver and SARP domain protein  33.82 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633698  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.48 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  25.68 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  27.13 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.1 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  31.33 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  25.6 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.48 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3341  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.25 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.798853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  28.51 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1400  response regulator  26.75 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 256 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  27.7 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0376  putative two-component response-regulatory protein YehT  27.24 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.72 
 
 		 253 aa  73.6  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.23 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0183  response regulator  28.72 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  25.1 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  26.52 
 
 		 246 aa  72  0.000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  26.52 
 
 		 246 aa  72  0.000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1381  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 273 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.557466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  26.27 
 
 		 272 aa  71.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  29.63 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.59 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  24.11 
 
 		 249 aa  71.2  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  27.44 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 257 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1318  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.76 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  24.05 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  26.8 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.41 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  25.4 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2685  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.48 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0538398  hitchhiker  0.000367908 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1658  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.48 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  34.13 
 
 		 265 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1673  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.48 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000537167  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1695  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.48 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000884824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>