More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5405 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5405  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.379459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1444  two component transcriptional regulator, LytTR family  52.73 
 
 		 256 aa  292  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.317386 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2868  two component transcriptional regulator, LytTR family  50 
 
 		 259 aa  256  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0154807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0271  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.53 
 
 		 256 aa  202  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1794  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.23 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1317  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.55 
 
 		 261 aa  191  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2789  response regulator receiver  40 
 
 		 254 aa  191  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0600  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.74 
 
 		 265 aa  190  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.315052 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2091  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.16 
 
 		 259 aa  186  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  normal  0.478744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2775  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.92 
 
 		 258 aa  185  6e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5312  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.67 
 
 		 255 aa  178  9e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0977362 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12408  two-component system response regulator  38.58 
 
 		 251 aa  174  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.401855  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5824  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.29 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0489181 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4908  LytTR family two component transcriptional regulator  37.45 
 
 		 255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2256  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.08 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.596319 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.69 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6060  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 253 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0800  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0307  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.92 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2661  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 252 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  34.92 
 
 		 250 aa  148  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4001  LytTR family two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 255 aa  148  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2439  LytTr DNA-binding region  33.73 
 
 		 255 aa  148  9e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1475  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.059663 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2354  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6102  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.89 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1836  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.88 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0758  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.94 
 
 		 256 aa  139  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.649382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6406  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.44 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0837  response regulator receiver protein  48.57 
 
 		 153 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.925678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7151  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.66 
 
 		 249 aa  135  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5335  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3726  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.1 
 
 		 252 aa  125  7e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.304835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6676  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.16 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4674  LytTR family two component transcriptional regulator  29.96 
 
 		 254 aa  118  7e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124147  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.16 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.47 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.63 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1209  LytTr DNA-binding region  28.92 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.27 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.53 
 
 		 248 aa  99.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.32 
 
 		 246 aa  99  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.35 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2186  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.54 
 
 		 275 aa  95.9  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0617  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.37 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.23864 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3838  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  30.08 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.02 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 317 aa  92  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1004  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.54 
 
 		 257 aa  91.7  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00878343  normal  0.279198 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.86 
 
 		 237 aa  91.3  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.29 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.02 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0161  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 270 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  30.59 
 
 		 242 aa  90.1  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.22 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 262 aa  89.4  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  27.45 
 
 		 276 aa  89  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 253 aa  87.8  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0930  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.748451 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0858  response regulator receiver protein  44.66 
 
 		 141 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.748894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2397  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.77 
 
 		 261 aa  87.8  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  27.62 
 
 		 247 aa  87.8  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.23 
 
 		 257 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.32 
 
 		 258 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  28.23 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.46 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  30.36 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1083  putative two-component response-regulatory protein YehT  28.24 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.450563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  27.62 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2093  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.94 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  24.12 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0847  response regulator receiver  26.73 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.29 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.56 
 
 		 257 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  27.48 
 
 		 246 aa  82.8  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2723  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.9 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.1 
 
 		 281 aa  82.4  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  26.81 
 
 		 268 aa  82.4  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.5 
 
 		 266 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.75 
 
 		 276 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  27.89 
 
 		 259 aa  80.5  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  26.83 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0495  response regulator receiver and SARP domain protein  32.23 
 
 		 365 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108458  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.36 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  24.58 
 
 		 261 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.78 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.08 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2348  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.78 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2505  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.78 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.78 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  24.19 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2304  putative two-component response-regulatory protein YehT  24.78 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  24.77 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  25.31 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.09 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>