More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0592 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0592  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 344 aa  710    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6285  anti-FecI sigma factor, FecR  40.06 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409432 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4716  anti-FecI sigma factor, FecR  37.65 
 
 		 339 aa  256  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.482399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1219  anti-FecI sigma factor, FecR  40.18 
 
 		 333 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0105  anti-FecI sigma factor, FecR  39.52 
 
 		 339 aa  239  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0641  anti-FecI sigma factor, FecR  39.04 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5656  anti-FecI sigma factor, FecR  31.21 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.175344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5329  anti-FecI sigma factor, FecR  35.8 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000155161  normal  0.240283 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6449  anti-FecI sigma factor, FecR  28.61 
 
 		 328 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3389  anti-FecI sigma factor, FecR  33.47 
 
 		 355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.44956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0059  FecR protein  27.94 
 
 		 334 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0775  anti-FecI sigma factor, FecR  29.55 
 
 		 316 aa  109  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.909787  normal  0.445044 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1096  anti-FecI sigma factor, FecR  32.05 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6149  anti-FecI sigma factor, FecR  30.56 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2436  anti-FecI sigma factor, FecR  30.45 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.862248 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6467  anti-FecI sigma factor, FecR  31.42 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.000000025711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3803  anti-FecI sigma factor, FecR  34.23 
 
 		 378 aa  99  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.818134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5485  anti-FecI sigma factor, FecR  29.09 
 
 		 337 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996805  normal  0.0475249 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4790  anti-FecI sigma factor, FecR  24.5 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0252158  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  31 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3232  anti-FecI sigma factor, FecR  26.39 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0188586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2007  anti-FecI sigma factor, FecR  27.31 
 
 		 383 aa  89.7  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.94073  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2437  anti-FecI sigma factor, FecR  28.24 
 
 		 344 aa  89  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1149  anti-FecI sigma factor, FecR  25.87 
 
 		 330 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0373323  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  28.44 
 
 		 268 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1076  anti-FecI sigma factor, FecR  27.36 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3977  anti-FecI sigma factor, FecR  35.09 
 
 		 386 aa  87  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.128931  normal  0.658799 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3336  anti-FecI sigma factor, FecR  28.38 
 
 		 367 aa  86.7  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.02 
 
 		 335 aa  86.3  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2144  anti-FecI sigma factor, FecR  31.02 
 
 		 283 aa  86.3  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.634056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  29.77 
 
 		 328 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2646  FecR protein  32.67 
 
 		 383 aa  85.5  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1715  anti-FecI sigma factor, FecR  23.78 
 
 		 324 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1214  anti-FecI sigma factor, FecR  28.7 
 
 		 392 aa  83.6  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.838522  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2263  anti-FecI sigma factor, FecR  26 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  28.83 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2262  anti-FecI sigma factor, FecR  31.22 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  29.11 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  32.69 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  30.24 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  26.67 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6426  anti-FecI sigma factor, FecR  33.79 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0583598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2355  FecR protein  31.66 
 
 		 345 aa  80.9  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.204979  normal  0.538209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  28.84 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3287  anti-FecI sigma factor, FecR  30.24 
 
 		 384 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313343  hitchhiker  0.00186616 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  26.92 
 
 		 274 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2948  anti-FecI sigma factor, FecR  30.9 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522825  normal  0.183052 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3554  anti-FecI sigma factor, FecR  27.72 
 
 		 326 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0813292  normal  0.017329 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.27 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  26.07 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4980  anti-FecI sigma factor, FecR  26.61 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000984334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3600  anti-FecI sigma factor, FecR  23.56 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000104392  hitchhiker  0.000024232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4012  FecR protein  26.8 
 
 		 333 aa  79.7  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  28.5 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3946  anti-FecI sigma factor, FecR  31.09 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  27.94 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0059  anti-FecI sigma factor, FecR  33.73 
 
 		 380 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.96 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  28.24 
 
 		 319 aa  79  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  25.23 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  29.44 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0139  anti-FecI sigma factor, FecR  32.09 
 
 		 381 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  29.03 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  29.03 
 
 		 324 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  31.19 
 
 		 326 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3047  anti-FecI sigma factor, FecR  29.28 
 
 		 397 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0971  anti-FecI sigma factor, FecR  33.71 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  30.97 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1630  putative FecR  32.34 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  29.53 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  31.41 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  26.95 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  29.95 
 
 		 344 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2374  anti-FecI sigma factor, FecR  24.79 
 
 		 351 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1846  anti-FecI sigma factor, FecR  26.77 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0709  FecR protein  32.98 
 
 		 398 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  29.03 
 
 		 327 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0658  anti-FecI sigma factor, FecR  32.19 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  29.52 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  27.84 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2108  anti-FecI sigma factor, FecR  31.63 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.748134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  29.8 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4737  anti-FecI sigma factor, FecR  28.57 
 
 		 324 aa  76.3  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4608  anti-FecI sigma factor, FecR  33.5 
 
 		 383 aa  76.3  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.113653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2250  FecR protein  29.86 
 
 		 394 aa  76.3  0.0000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.4 
 
 		 309 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6741  anti-FecI sigma factor, FecR  32.95 
 
 		 396 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.454691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3198  anti-FecI sigma factor, FecR  32.58 
 
 		 380 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.694273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7183  anti-FecI sigma factor, FecR  26.62 
 
 		 376 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  25.11 
 
 		 316 aa  75.9  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  27.08 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3563  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  26.69 
 
 		 340 aa  75.5  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3632  anti-FecI sigma factor, FecR  29.12 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.761465  normal  0.138815 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  30.14 
 
 		 377 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6759  anti-FecI sigma factor, FecR  22.92 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  28.99 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  27.91 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6732  anti-FecI sigma factor, FecR  33.14 
 
 		 394 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000497834  normal  0.141975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>