More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DehaBAV1_0481 on replicon NC_009455
Organism: Dehalococcoides sp. BAV1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 246 aa  506  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  93.5 
 
 		 246 aa  478  1e-134  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  93.5 
 
 		 248 aa  476  1e-133  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 259 aa  179  4.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.8 
 
 		 278 aa  175  5e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 245 aa  174  9e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 248 aa  168  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 244 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 250 aa  161  7e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 250 aa  161  9e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  39.92 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  39.92 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 253 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 250 aa  159  6e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 247 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.57 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 258 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 259 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.83 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.75 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.4 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 290 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 245 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 245 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 249 aa  150  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.91 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 246 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.93 
 
 		 264 aa  149  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 283 aa  149  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 245 aa  148  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 244 aa  148  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.15 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1416  tRNA pseudouridine synthase A  35.17 
 
 		 246 aa  148  7e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 244 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.14 
 
 		 244 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 263 aa  145  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 258 aa  144  9e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 260 aa  144  9e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  37.34 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 266 aa  143  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 245 aa  142  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 243 aa  143  3e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 247 aa  142  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 252 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 276 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 269 aa  142  5e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 252 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 252 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 245 aa  141  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>