More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_0016 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_0016  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 235 aa  480  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.162823 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0955  pseudouridine synthase, Rsu  64.91 
 
 		 237 aa  300  9e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.256039  normal  0.742007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1099  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  64.91 
 
 		 237 aa  300  9e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2405  pseudouridine synthase  60.61 
 
 		 238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5819  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.17 
 
 		 238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0781511 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2534  pseudouridine synthase, Rsu  60.17 
 
 		 238 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0950  RNA pseudouridine synthase family protein  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1964  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.329965  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0993  RNA pseudouridine synthase family protein  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0275653  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1153  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.311122  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0273  RNA pseudouridine synthase family protein  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0216712  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1000  RNA pseudouridine synthase family protein  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0875  RNA pseudouridine synthase family protein  59.31 
 
 		 240 aa  279  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.066222  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0795  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.17 
 
 		 252 aa  277  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0808  pseudouridine synthase  60.61 
 
 		 238 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0704  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  59.05 
 
 		 251 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0566  pseudouridine synthase  58.55 
 
 		 248 aa  268  8e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1876  pseudouridine synthase, Rsu  59.74 
 
 		 238 aa  266  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.471892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2487  pseudouridine synthase, Rsu  59.74 
 
 		 238 aa  266  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.428449  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1183  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.51 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1103  pseudouridine synthase  54.1 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2512  pseudouridine synthase  59.74 
 
 		 238 aa  265  4e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0618  pseudouridine synthase  58.12 
 
 		 248 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0135  pseudouridine synthase  57.38 
 
 		 245 aa  264  7e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.911961  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1626  pseudouridine synthase  55.88 
 
 		 249 aa  264  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126651  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.65 
 
 		 261 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3135  pseudouridine synthase  57.08 
 
 		 236 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.46 
 
 		 238 aa  259  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  57.58 
 
 		 233 aa  260  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0674  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A protein  57.58 
 
 		 252 aa  258  6e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  56.28 
 
 		 234 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0779  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.98 
 
 		 240 aa  256  2e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.549423  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2976  pseudouridine synthase, Rsu  54.88 
 
 		 247 aa  256  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.751101  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2786  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 244 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  hitchhiker  0.00337231 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4185  pseudouridine synthase  54.74 
 
 		 241 aa  253  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1800  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.27 
 
 		 239 aa  251  5.000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000268682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2512  pseudouridine synthase  52.46 
 
 		 249 aa  237  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.879227  normal  0.660799 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0375  pseudouridine synthase  50 
 
 		 241 aa  236  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0379  pseudouridine synthase  48.72 
 
 		 241 aa  234  7e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1436  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.53 
 
 		 253 aa  215  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.822164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 239 aa  165  5e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0736  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000262919  decreased coverage  0.00132516 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 233 aa  157  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 231 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 231 aa  156  2e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2704  pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.960401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.34 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 242 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  36.91 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.79 
 
 		 243 aa  152  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  36.91 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 240 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3469  pseudouridine synthase, Rsu  39.64 
 
 		 241 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.48 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  36.48 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.15 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  38.53 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4823  RNA pseudouridine synthase family protein  36.17 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.15 
 
 		 235 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.48 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.66 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  40.17 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  37.07 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  39.22 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 250 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  37.07 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.66 
 
 		 235 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  38.72 
 
 		 235 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  38.1 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 244 aa  148  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 233 aa  148  9e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  33.77 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.39 
 
 		 231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.87 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.91 
 
 		 237 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 242 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  38.6 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.13 
 
 		 243 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  39.45 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.41 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  37.5 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.17 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  37.28 
 
 		 230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4602  RNA pseudouridylate synthase  36.77 
 
 		 233 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.23 
 
 		 235 aa  144  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>