More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1600 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1600  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  505  9.999999999999999e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0486  DNA-binding response regulator  34.03 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0347807  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0498  DNA-binding response regulator  33.61 
 
 		 238 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000000794566  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1482  LytTr family DNA-binding response regulator  36.09 
 
 		 236 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00010327  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1752  LytTr family DNA-binding response regulator  34.35 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000046925  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2345  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.92 
 
 		 240 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.681344 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2270  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.8 
 
 		 234 aa  109  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2646  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.85 
 
 		 252 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  28.22 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  30.86 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1167  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.45 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 226 aa  94  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2425  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.47 
 
 		 242 aa  93.6  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1697  two component transcriptional regulator, LytTR family  25 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.325505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.5 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.52 
 
 		 237 aa  87.4  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  26.89 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0974  LytTR family two component transcriptional regulator  28.86 
 
 		 237 aa  86.3  4e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.118297  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  25.96 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.89 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  28.69 
 
 		 236 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.21 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  27.8 
 
 		 261 aa  82  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.69 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  28.87 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.17 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.6 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  27.16 
 
 		 249 aa  79  0.00000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.6 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.6 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.6 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  27.23 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.6 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  28.4 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.8 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.46 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  27.93 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.89 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  28.8 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  23.17 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  28.8 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  23.26 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  27.2 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02240  response regulator of the LytR/AlgR family  23.11 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.86 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  28.4 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  27.03 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.11 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  28.38 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.37 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1569  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.03 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000531282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  28.63 
 
 		 248 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  28.4 
 
 		 246 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.26 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  28.33 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0468  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.92 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  31.19 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  27.8 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.16 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.83 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2253  LytTr DNA-binding region  30.65 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.36 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  26.98 
 
 		 241 aa  72.4  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.6 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.96 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  26.53 
 
 		 237 aa  72  0.000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  26.37 
 
 		 235 aa  72  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  27.45 
 
 		 238 aa  72  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  30.81 
 
 		 243 aa  72  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 249 aa  71.6  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.88 
 
 		 265 aa  71.6  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.1 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 253 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.47 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.13 
 
 		 238 aa  70.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.14 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1047  LytTr DNA-binding region  26.38 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.791092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  28.78 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.47 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.88 
 
 		 244 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.32 
 
 		 237 aa  69.3  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  27.94 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  27.94 
 
 		 246 aa  68.6  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.48 
 
 		 245 aa  68.6  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.61 
 
 		 240 aa  68.6  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  27.31 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  26.7 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  21.8 
 
 		 237 aa  68.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  26.7 
 
 		 269 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.32 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2353  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 131 aa  67.8  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0699449  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.36 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  24.17 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.98 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  24.87 
 
 		 264 aa  67  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  25.11 
 
 		 245 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  22.58 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>