More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0248 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  70.3 
 
 		 473 aa  646    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  69.49 
 
 		 473 aa  660    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  69.98 
 
 		 473 aa  664    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  79.07 
 
 		 476 aa  777    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 473 aa  958    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  73.33 
 
 		 475 aa  675    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  68.09 
 
 		 473 aa  621  1e-177  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  44.03 
 
 		 460 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  44.64 
 
 		 458 aa  387  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  42.86 
 
 		 461 aa  372  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  41.63 
 
 		 455 aa  363  3e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  42.74 
 
 		 455 aa  360  5e-98  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  40.94 
 
 		 466 aa  355  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  41.79 
 
 		 472 aa  352  1e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  41.08 
 
 		 456 aa  352  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  40 
 
 		 469 aa  348  1e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  39.7 
 
 		 458 aa  345  8e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  38.12 
 
 		 463 aa  342  5.999999999999999e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  41.05 
 
 		 461 aa  341  1e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  41.21 
 
 		 518 aa  336  3.9999999999999995e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  42.83 
 
 		 462 aa  335  7.999999999999999e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  44.87 
 
 		 462 aa  332  8e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  37.63 
 
 		 461 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  42.58 
 
 		 462 aa  329  6e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 458 aa  326  5e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 458 aa  326  6e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  322  7e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  38.72 
 
 		 458 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 458 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  39.57 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  37.85 
 
 		 461 aa  320  3e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  36.83 
 
 		 461 aa  320  3e-86  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  39.07 
 
 		 458 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  38.46 
 
 		 455 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  37.23 
 
 		 458 aa  317  2e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  37.37 
 
 		 462 aa  315  1.9999999999999998e-84  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  39.32 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  39.28 
 
 		 455 aa  315  1.9999999999999998e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  39.32 
 
 		 458 aa  313  2.9999999999999996e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  37.39 
 
 		 455 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  38.17 
 
 		 455 aa  311  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  39.31 
 
 		 457 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  42.12 
 
 		 461 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.33 
 
 		 455 aa  307  3e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  35.91 
 
 		 459 aa  306  5.0000000000000004e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  37.2 
 
 		 460 aa  305  8.000000000000001e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  41.03 
 
 		 456 aa  305  8.000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  39.48 
 
 		 456 aa  305  9.000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 456 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 455 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 452 aa  303  5.000000000000001e-81  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  38.12 
 
 		 447 aa  302  8.000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 461 aa  300  4e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  36.04 
 
 		 458 aa  295  1e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 450 aa  294  2e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  34.26 
 
 		 459 aa  291  1e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  38.14 
 
 		 460 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2572  GTPase  37.74 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.329632  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 475 aa  288  1e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  37.07 
 
 		 450 aa  288  2e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6055  tRNA modification GTPase TrmE  38.62 
 
 		 473 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  36.8 
 
 		 452 aa  287  4e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  35.12 
 
 		 459 aa  286  4e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  35.12 
 
 		 459 aa  286  4e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  36.8 
 
 		 473 aa  286  5e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  36.99 
 
 		 459 aa  286  5e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 461 aa  286  5e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  37.35 
 
 		 467 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  38.36 
 
 		 464 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0526  tRNA modification GTPase TrmE  36.89 
 
 		 446 aa  283  6.000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0884  tRNA modification GTPase TrmE  38.09 
 
 		 452 aa  283  6.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  36.95 
 
 		 482 aa  283  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 486 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  37.83 
 
 		 458 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  37.82 
 
 		 454 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  37.82 
 
 		 454 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  37.18 
 
 		 456 aa  280  4e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2392  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 468 aa  280  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0118764  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 454 aa  279  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  36.99 
 
 		 444 aa  279  8e-74  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  39.7 
 
 		 448 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0886  tRNA modification GTPase TrmE  37.89 
 
 		 478 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00940326 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  35.21 
 
 		 464 aa  277  2e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  36.34 
 
 		 456 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  36.65 
 
 		 454 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  36.72 
 
 		 454 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  36.72 
 
 		 454 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>