168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3596 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 112 aa  226  7e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 129 aa  125  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  51.96 
 
 		 115 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 113 aa  114  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  49.51 
 
 		 113 aa  107  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  52.38 
 
 		 134 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  50.49 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  41.18 
 
 		 134 aa  93.6  9e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  48.39 
 
 		 100 aa  86.3  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4048  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  38.95 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3220  putative transcriptional regulator  36.78 
 
 		 164 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00911883  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  36.26 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 105 aa  58.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  39.47 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  33.03 
 
 		 152 aa  57  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4912  helix-turn-helix, HxlR type  34.34 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1273  HxlR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 106 aa  52.8  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.866565  hitchhiker  0.0000000994853 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1803  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0896859  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1850  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.363073 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1784  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5213  transcriptional regulator, HxlR family  32.98 
 
 		 229 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1415  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0193281 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2640  transcriptional regulator, HxlR family  33.68 
 
 		 111 aa  51.6  0.000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.954281  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1282  transcriptional regulator, HxlR family  32.95 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11742  hypothetical protein  32.22 
 
 		 236 aa  50.4  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021692  normal  0.619113 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3356  transcriptional regulator, HxlR family  31.63 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0369377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1483  HxlR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 118 aa  50.1  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2194  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5646  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2092  HxlR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 216 aa  48.9  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821202  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0202  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.537132 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  28.16 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  30.34 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  31.96 
 
 		 219 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7246  transcriptional regulator, HxlR family  30.77 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00534813  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0141  HxlR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 187 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.360575 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3059  hypothetical protein  30.43 
 
 		 170 aa  47.8  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185981  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5238  HxlR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 228 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0290  transcriptional regulator protein-like protein  27.72 
 
 		 154 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  26 
 
 		 120 aa  47.4  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 136 aa  47  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0906  HxlR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 116 aa  47  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.278894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2856  transcriptional regulator, HxlR family  31.52 
 
 		 213 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000163729  normal  0.0358536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2633  transcriptional regulator, HxlR family  31.96 
 
 		 121 aa  46.6  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.895266  normal  0.749568 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1032  HxlR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 227 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484903 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 180 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0341  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2471  transcriptional regulator, HxlR family  28.09 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0824019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2294  MarR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.107881  normal  0.103763 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  27.96 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  28.41 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0609  transcriptional regulator, HxlR family  35.16 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.822325  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2572  HxlR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 169 aa  46.2  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464372 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2088  HxlR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203524  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6277  transcriptional regulator, HxlR family  34.41 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  30 
 
 		 144 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2744  transcriptional regulator, HxlR family  30.43 
 
 		 213 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3457  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 		 226 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00952714  hitchhiker  0.00869506 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2706  transcriptional regulator, HxlR family  29.9 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4975  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1805  HxlR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 236 aa  45.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.843769  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5063  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5356  HxlR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3139  transcriptional regulator, HxlR family  35.56 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2499  transcriptional regulator, HxlR family  32.22 
 
 		 119 aa  45.1  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0968705  normal  0.226529 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1471  transcriptional regulator, HxlR family  29.21 
 
 		 108 aa  44.7  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4680  transcriptional regulator, HxlR family  30.11 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0924  transcriptional regulator, HxlR family  32.94 
 
 		 246 aa  44.7  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.787459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3884  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05500  hypothetical protein  31.91 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.775818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3264  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 148 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.811578  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0881  transcriptional regulator, HxlR family  30.93 
 
 		 122 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1397  putative transcriptional regulator  28 
 
 		 137 aa  43.9  0.0008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000300955  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2705  HxlR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2751  putative transcriptional regulator  32 
 
 		 131 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.992103 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0879  transcriptional regulator, HxlR family  30.93 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.399174  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2987  hypothetical protein  29.59 
 
 		 187 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4999  transcriptional regulator, HxlR family  30 
 
 		 132 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.0407837 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2378  transcriptional regulator, HxlR family  27.72 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.415672  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0502  HxlR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.531787 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2675  HxlR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2737  transcriptional regulator, HxlR family  26.67 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2311  transcriptional regulator, HxlR family  31.07 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272645  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0705  helix-turn-helix HxlR type  31.96 
 
 		 150 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708221 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3847  transcriptional regulator, HxlR family  32.98 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000228408  normal  0.91917 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0377  transcriptional regulator, HxlR family  31.63 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0395493  normal  0.03196 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3961  transcriptional regulator, HxlR family  32.98 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00918513  normal  0.0163124 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0718  transcriptional regulator, HxlR family  31.96 
 
 		 166 aa  43.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.360073  normal  0.543743 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0198  transcriptional regulator  31.63 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2636  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0214616  hitchhiker  0.00638714 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>