27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1972 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1972  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 103 aa  208  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000001755  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3120  putative transcriptional regulator  76.7 
 
 		 107 aa  163  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0075021  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2054  putative transcriptional regulator  75.25 
 
 		 105 aa  161  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.295818  normal  0.220655 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2492  putative transcriptional regulator  74.26 
 
 		 101 aa  159  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.298845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3145  putative transcriptional regulator  74.26 
 
 		 101 aa  159  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5059  putative transcriptional regulator  75.25 
 
 		 101 aa  158  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1388  putative transcriptional regulator  78.95 
 
 		 111 aa  157  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.682529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1715  transcriptional regulator protein-like protein  75.25 
 
 		 154 aa  155  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118442  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1528  putative transcriptional regulator  77 
 
 		 107 aa  144  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1054  HxlR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2404  HxlR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.598252  normal  0.595258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0961  putative transcriptional regulator  40.59 
 
 		 134 aa  62  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3596  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0219854  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1763  helix-turn-helix, HxlR type  35.79 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.168632  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1315  HxlR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 163 aa  56.2  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.9488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6227  transcriptional regulator, HxlR family  40.22 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56146  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5094  HxlR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.709504  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7489  transcriptional regulator, HxlR family  30.34 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0271  transcriptional regulator, HxlR family  30.69 
 
 		 140 aa  44.7  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1635  transcriptional regulator, HxlR family  30.14 
 
 		 119 aa  43.5  0.0009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.168086  normal  0.505832 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1290  transcriptional regulator, HxlR family  33.73 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1661  HxlR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1784  HxlR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 223 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1850  HxlR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 223 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.363073 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1803  HxlR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 223 aa  40  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0896859  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2190  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 119 aa  40.4  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000426745  normal  0.636756 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>