More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4380 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 347 aa  709    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  56.47 
 
 		 354 aa  425  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  58.62 
 
 		 355 aa  414  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  57.68 
 
 		 383 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  55.98 
 
 		 342 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  57.85 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  54.79 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  55.49 
 
 		 407 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  50.29 
 
 		 342 aa  355  5.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  51.33 
 
 		 335 aa  352  7e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 		 345 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  47.8 
 
 		 344 aa  307  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 		 350 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  37.39 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 		 355 aa  227  2e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  34.37 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  36.62 
 
 		 358 aa  222  9e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 355 aa  215  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  35.4 
 
 		 348 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 348 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  36.14 
 
 		 348 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  36.45 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.14 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 350 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 		 348 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  32.29 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 348 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  28 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  30.82 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  30.51 
 
 		 345 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.74 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 338 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  26.67 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  29.23 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 347 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 345 aa  93.2  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 346 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  28.65 
 
 		 346 aa  92  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 355 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  25.98 
 
 		 348 aa  91.3  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 		 340 aa  89.7  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 340 aa  89.4  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.32 
 
 		 354 aa  89.4  8e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  22.46 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  24.34 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 343 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 363 aa  81.6  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 359 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4469  twin-arginine translocation pathway signal  25.3 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.355969 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 343 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  27.05 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  27.05 
 
 		 358 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1682  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.4 
 
 		 364 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551017 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4968  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0985864  normal  0.213163 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  30.39 
 
 		 358 aa  67  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6719  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.92 
 
 		 365 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0109692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.69 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6274  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 365 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.283816  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.09 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 		 346 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.6 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  25.33 
 
 		 341 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.6 
 
 		 341 aa  62.8  0.000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.07 
 
 		 347 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  22.57 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  21.12 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  22.69 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.35 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  25.35 
 
 		 341 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  21.99 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  25 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 342 aa  59.7  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 		 341 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 335 aa  59.3  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.43 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.71 
 
 		 341 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 		 342 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  21.73 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2054  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.2 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.341416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>